Окультуривание почвы сопровождается изменениями многих ее свойств.
При правильном использовании почвы повышается ее плодородие, улучшаются условия обитания микроорганизмов, усиливается биогенность и биологическая активность почв. Особенно повышается содержание тех видов микроорганизмов, которые требовательны к условиям питания и в то же время более активны в физиологическом отношении. При окультуривании разных почв наблюдаются сходные изменения в составе микрофлоры: возрастает общее количество микроорганизмов, относительно увеличивается содержание спороносных бактерий и актиномицетов. Вместе с тем, как показала Аристовская, степень влияния окультуривания неодинакова в разных почвах: меньше всего оно выражено в черноземах, которые и в естественном состоянии обладают значительным запасом плодородия, и больше всего — в подзолистых почвах. Большую роль играет смена растительности: в черноземах, где естественная травянистая растительность сменяется такой же культурной, происходит лишь некоторая активизация уже имеющихся микробных группировок без существенного изменения их состава; в подзолистых же почвах замена многолетних древесных растений однолетними культурными обусловливает резкое изменение микрофлоры и развитие микробиологических процессов в совершенно новом направлении.
При окультуривании почв изменяются и сообщества почвенных водорослей. Вопрос о направлении и размерах происходящих изменений представляет большой интерес, поскольку некоторые почвоведы считают водоросли «сорняками», поселяющимися только на местах, непригодных для роста высших растений, и исчезающими в окультуренных почвах. С другой стороны, давно известна народная примета, что появление зеленого налета на поверхности полевой почвы сулит хороший урожай, и справедливо замечание А. А. Имшенецкого, что эта примета требует научного обоснования.
Закономерности развития водорослей в окультуренных почвах изучены пока недостаточно, с одной стороны — в связи с различными толкованиями самих терминов «окультуренные», «пахотные», «обрабатываемые», «освоенпые» почвы, а с другой — в связи с многообразием действующих факторов. В окультуренных почвах состав и количество водорослей регулируются не только естественными факторами, рассмотренными в гл. VI, но и различными приемами агротехники, направленными на повышение плодородия почвы.