Все островные боры Казахского мелкосопочника находятся в степной зоне, причем Кокчетавская их группа — в подзоне разнотравно-ковыльных степей, а Баянаульско-Каркаралинская — в подзоне сухих типчаково-ковыльных степей (Карта растительности степной части Казахского мелкосопочника,. 1975).
Однако гранитные массивы, возвышающиеся над уровнем окружающей территории, нарушают картину зонального распределения растительности, поэтому их низкие уровни относятся к лесостепному, а более высокие — к лесному поясу, образуя своеобразные лесные оазисы среди окружающих степей.
На территории, примыкающей к островным борам Кокчетавской группы, естественная растительность почти не сохранилась. Большая часть ранее существовавших степей распахана. Здесь преобладают сельскохозяйственные земли на месте богаторазно-травно-красноковыльных (Stipa rubens, Festuca valesiaca subsp. sulcata, Calamagrostis epigeios, Phleum phleoides, Achyrophorus maculatus, Veronica spuria, Lathyrus tuberosus, Onobrychis sibi — rica, Peucedanum morissonii), разнотравно-овсецово-красноко- выльных (Stipa rubens, Helictotrichon desertorum, Festuca valesiaca subsp. sulcata, Aster alpinus, Seseli ledebourii, Artemisia marschalliana) и разнотравно-красноковыльно-овсецовых (Helictotrichon desertorum, Stipa rubens, Festuca valesiaca subsp. sulcata, Scabiosa isetensis, Artemisia trifida, A. marschalliana) степей. Небольшие участки степной растительности сохранились только по склонам сопок.
В прилегающей к Баянаульскому и Каркаралинскому массивам местности в низком мелкосопочнике и по межсопочным делювиально-пролювиальным понижениям преобладают (Карта
растительности степной части Казахского мелкосопочника, 1975) серии сообществ овсецовой (Helictotrichon desertorum) и тырсовой (Stipa capillata) формаций с Caragana pumila, типчаково-тырсовой (Festuca valesiaca ssp. sulcata, Stipa capillata) со Spiraea hypericifolia формацией, красноковыльной (Stipa rubens) формации, сельскохозяйственные земли на месте разнотравно — овсецовокрасноковыльных степей (Stipa rubens, Helictotorichon desertorum и разнотравье) и караганово-типчаково-тырсиковые степи (Stipa sareptana, Festuca valesiaca subsp. sulcata, Caragana pumila). Степные сообщества связаны здесь преимущественно с темно-каштановыми малоразвитыми и неполноразвитыми щебнистыми, а также каштановыми почвами на плотных кристаллических породах (Почвенная карта Казахской ССР, 1976).
Преимущественное произрастание сосны в гранитных низкогорьях в столь необычных для нее азональных условиях определяется прежде всего свойствами субстрата: матрацевидной расслоенностью гранитов, повышенной их трещиноватостью, зернистой структурой и легким механическим составом продуктов выветривания, слабой минерализацией грунтовых и трещинных вод, конденсацией атмосферной влаги в глубоких трещинах. Кроме того, играет определенную роль и приподнятость гранитных интрузий над уровнем окружающей местности, что обусловливает высотную поясность климата и растительности.