Сходства:
имеют одинаковый состав клеточной оболочки (хитин, глюканы);
в цикле развития есть три ядерных состояния (n, 2n, n + n);
отсутствуют плодовые тела;
образуются толстостенные споры, из которых часто развиваются базидии;
грибы являются паразитами растений (фитопатогены);
заражение происходит только дикариотичным мицелием.
Различия:
у головневых грибов половой процесс — соматогамия, у ржавчинных — сперматизация;
у головневых грибов нет смены растений-хозяев;
ржавчинные грибы отличаются большим разнообразием типов спороношений;
головневые грибы чаще вызывают общее поражение растений, а ржавчинные грибы поражают лишь отдельные органы.