Главное различие между агроэкосистемами и естественными экосистемами заключается в том, что многие из Информационных процессов, управляемых травоядными, хищниками, паразитами и патогенами в естественных экосистемах, управляются человеком в агроэкосистемах.
Решения, которые непосредственным образом влияют на структуру и функции агроэкосистемы, можно разделить на плановые решения (проектирование) и управляющие решения (внедрение). Как те, так и другие испытывают влияние состояния агроэкосистемы, а также детерминантов экологической среды и суперсистемы (фермы или ранчо). Включенные в суперсистему детерминанты — это другие агроэкосистемы, доступность ресурсов и домашнее хозяйство. Чтобы проанализировать агроэкосистему, необходимо выдвинуть и проверить гипотезы, связывающие конкретные детерминанты с конкретными решениями. Примеры гипотез типа детерминант — решение, которые были проверены на материале Центральной Америки, включают влияние температуры на выбор системы полеводства (плановое решение), а также связь между моментом начала сезона дождей и выбором культуры-предшественника в севообороте (управляющее решение). Понимание информационных процессов в агроэкосистемах имеет практическое значение для исследовательской и проектной деятельности в сельском хозяйстве, а также теоретическое значение, поскольку вырабатываются принципы, способствующие уяснению сути взаимодействия между потоками энергии, материалов и информации как в естественных, так и в аграрных экосистемах.