Инфекция не всегда влечет за собой окончательную гибель растения.
В тех случаях, когда поражение не развивается слишком быстро или гибель не следует за ним слишком скоро, можно наблюдать появление у растения различных внешних и внутренних, подчас глубоких, изменений, служащих признаком реакции на заражение. Однако по сравнению с животным организмом, способность растения реагировать на заражение выражена значительно слабее.
К более известным внешним признакам реакции следует отнести преждевременное развитие цветов и боковых побегов (у Тыквенных), образование недоразвитых корней (у томатов, табака) или обильное скопление пучковидных мелких корней на корнях яблони — «курчавость» корней (hairy root) (Bact. rhisogenes). В других случаях, наоборот, наступает задержка в развитии как отдельных органов или частей, так и всего растения, а иногда даже атрофия. Так картофель, пораженный Bact. solanacearum отстает в росте, а при раннем заражении клубни могут остаться маленькими и недоразвитыми. Примером атрофии может служить «туберкулез» маслины (Bact. savastanol). Здесь атрофия заключается в образовании выше опухоли более тонких и коротких побегов или карликовых листьев, а при более сильном поражении молодой стебель над опухолью лишается питания и отмирает. Случаи недоразвития всего растения вследствие поражения (карликовое растение) известны у сахарного тростника (возбудитель Bact. vascularum), у кукурузы недоразвитие соплодия (возбудитель Bact. stewarti) и др.
К наиболее интересным случаям инфекции (Bact. savastanoi, Bact. tumefaciens) с явно выраженной реакцией растения относится развитие у питающего растения новообразований. Подобные случаи характеризуются бурным размножением клеток ткани, ведущим к ненормальному местному разрастанию и образованию опухолей и желваков, состоящих из недиференцированных клеток обычных размеров (гиперплазия). Иногда, напр., у опухолей маслины (Bact. savastanoi) наряду с гиперплазией могут встречаться и отдельные ненормально увеличенные, гипертрофированные клетки. Гипертрофия под влиянием бактерий хорошо известна также в клубеньках Мотыльковых (Bact. radicicola). Смит упоминает случай нахождения тиллов в сосудах растений, пораженных Bact. solanacearum, и в древесине молодых побегов тутового дерева, пораженного Bact. mori. Образование таких тиллов зависит, по всей вероятности, от действия небольших количеств специфических бактерийных продуктов, действующих стимулирующе, подобно малым дозам ядовитых веществ.
К распространенным явлениям реакции следует отнести образование пробковой ткани. Клетки, нормально бездеятельные, стимулируются к делению и образуют пробковый слой, служащий для зарубцевания ранения или отделяющий пораженную часть от здоровой, в том случае если паразит развивается не очень быстро (клубни картофеля, иногда плоды томатов и бобы).
К местным реакциям, сопутствующим инфекции, следует отнести и изменение окраски. Пораженные части обычно желтеют или окрашиваются иногда в красный или черный цвет, а в других случаях наоборот они становятся более зелеными против обычного. Так, опухоли, вызванные Bact. tumefaciens на подсолнухе, томатах и др. растениях, обычно зеленого цвета; при некоторых пятнистостях листьев (бобов) часть листа вблизи пятна остается зеленой; точно так же можно наблюдать и упорное сохранение зеленого пигмента в пораженной части плода (томата), когда под влиянием поражения созревание плода задерживается.
Помимо перечисленных случаев внешнего проявления реакции, у растения могут происходить различные и внутренне, подчас глубокие изменения. К ним следует отнести колебания кислотности и в некоторых случаях исчезновение крахмала вблизи очага поражения. Изменение кислотности клеточного сока под влиянием искусственного заражения было исследовано Вагнером и поставлено в связь с образованием антител. Он установил регулярное небольшое понижение кислотности вскоре после инъекции бактерий и повышение pH на 0.2—0.3 с окончанием инкубационного периода и появлением первых признаков поражения. С наступлением полного развития поражения кислотность резко опускается ниже нормального, и затем наступает новое резкое повышение ее, связанное уже с посмертными явлениями в тканях. Несколько иначе изменяется кислотность в тех случаях, когда растение успешно сопротивляется и поражение не развивается; тогда кислотность после повышения возвращается к концу инкубационного периода вновь к обычному пределу.