Магаданская область имеет сильно развитую гидрографическую сеть. Насчитывается 567 тысяч рек и речек, общей длиной 1 324 тысячи километров. Если вытянуть их в одну линию, то ею можно опоясать земной шар по экватору 33 раза.
Речная система принадлежит к двум бассейнам: Северного Ледовитого и Тихого океанов.
В бассейн Ледовитого океана впадают самые крупные и многоводные реки области. Многие из них свое начало берут далеко на юге, от побережья Охотского моря, и, пересекая всю область, несут свои воды в Ледовитый океан.
В Восточно-Сибирское море впадает крупнейшая река Магаданской области — Колыма со своими многочисленными притоками и реки Чаун, Раучуван (Бараниха) и Пегтымель. В Чукотское море впадают короткие и быстрые горные реки.
Наибольшие из них — Амгуэма, Вэльмай (Кымынейвеем), Ванкарем, Ионивеем и другие.
В бассейн Тихого океана впадают река Анадырь с притоками, реки Великая, Канчалан, Хатырка, впадающие в Берингово море, реки Тауй, Ола, Яна, Яма, Парень, Гижига, впадающие в Охотское море.
Все реки Магаданской области, за небольшим исключением, берут начало в горах и носят черты горного характера.
Для горных рек характерны узкие У-образные долины и большие продольные уклоны, что обусловливает стремительное течение (до 18—20 и более километров в час). Выходя на равнину, эти реки утрачивают горный характер. Дно таких рек становится песчаным и илистым. Они протекают в широких разработанных долинах и обладают спокойным течением. Такие реки удобны для судоходства.
Как правило, при выходе в море реки изобилуют мелководными рукавами, образуя небольшие дельты. Крупные дельты такого типа образованы реками Колыма и Анадырь.
Реки Магаданской области принадлежат к типу «рек районов вечной мерзлоты с весенним половодьем и летними паводками». Питаются они за счет атмосферных осадков (снег, дождь), тающих снегов и наледей, а также грунтовых вод и от таяния вечной мерзлоты.
Уровень воды в реках в течение года сильно меняется. Во время интенсивного таяния снега весной и выпадения дождей летом реки выходят из берегов и сильно разливаются. Разрушают берега и часто меняют русло.
Ледообразование на реках начинается на севере в конце сентября, на юге — в первой декаде октября.
Зимой мелкие и средние реки промерзают до дна. Наледи на многих реках не тают в течение всего лета.
Вскрытие рек начинается на юге в горной части области в середине мая, на севере — в первой декаде июня.
Ледоход на крупных реках продолжается недолго. На перемерзших реках ледохода не бывает, так как основная масса льда тает на месте.
Колыма (длина 2 513 километров) — самая крупная и многоводная река Магаданской области. Около 1 400 километров она течет по территории области. Река Колыма образуется от слияния рек Аян-Юрях и Кулу, вытекающих с Охотско-Колымского нагорья, и впадает в Колымский залив Восточно-Сибирского моря. Ее истоки находятся на высоте 1 000 метров над уровнем моря. На большом протяжении река Колыма имеет сильное извилистое течение.
В верхнем течении она принимает много притоков: Детрин, Бохапча, Оротукан — правые притоки; Дебин, Таскан — левые притоки.
В среднем течении, ниже устья реки Буюнды, Колыма течет в широкой долине по плоскогорью и разбивается на рукава. Справа впадают крупные притоки: Балыгычан, Сугой, Коркодон. Слева впадает много небольших речек.
Нижнее течение начинается с устья левого притока — реки Ясачной, где река течет по Колымской низменности на территории Якутской АССР. Здесь Колыма принимает наиболее крупные и многоводные притоки: Омолон, Большой Анюй.
Почти на всем протяжении в пределах Магаданской области река Колыма течет в обширной таежной зоне лиственничных лесов.
Зима характерна мелководностью рек, продолжительным периодом их ледостава (до 8 месяцев), мощным ледяным покровом, полным промерзанием и прекращением стока на малых и некоторых средних реках. Зимой главная роль в питании рек принадлежит грунтовым водам. На многих реках бассейна Колымы образуются мощные наледи, достигающие к концу зимы 2—3 и более метров. Особенно больших размеров достигают наледи в верховьях реки Колымы — в области сильных морозов.
В летнее время уровень реки Колымы падает, и только в период дождей наблюдается подъем воды и образование кратковременных паводков. Температура воды в реке низкая — 10—15°, и только на спокойных участках в конце июля — начале августа достигает 20—22°.
Река Колыма является важной транспортной артерией. Начиная от устья Бохапчи она судоходна. Выше устья Бохапчи Колыма имеет крупные пороги. В летние месяцы производится интенсивная перевозка различных хозяйственных грузов буксирными пароходами и в большом количестве сплавляется лес.
Второй по величине рекой в области является Анадырь со своими притоками (Белая, Танюрер — левые притоки, Майн, Еропол, Яблон — правые притоки). Общая протяженность реки Анадырь 1150 километров. Ширина реки в среднем течении значительна и у устья достигает 3 километров. Река Анадырь берет начало в центре Анадырского плоскогорья и впадает в залив Онемен, который выходит в Анадырский лиман и далее в Анадырский залив. Река Анадырь течет по обширной Анадырской низменности, занятой тундрой. Она сильно блуждает по долине, образует много озер-стариц, рукавов и проток. Ледостав начинается в первой половине октября. Вскрывается река в начале июня. Река Анадырь от устья до поселка Марково судоходна. В летнее время используется для сплава леса.
Река Омолон — третья по величине река области и самый крупный приток Колымы. Протяженность реки 1114 километров. Истоки Омолона находятся на северо-западных склонах Колымского нагорья. Река течет на север, вначале по узкой долине, затем по широкой равнине, разбиваясь на большое число рукавов. Многие из них сухие, что свидетельствует о больших разливах. Река Омолон замерзает в середине октября и вскрывается в конце мая и начале июня. Летом возможно судоходство на значительном расстоянии и сплав леса в плотах и россыпью. Большой приток Омолона — река Олой (длина 370 километров).
На севере области в западном направлении протекают две крупные реки — Большой Анюй (693 километра) и Малый Анюй (738 километров). Они берут начало на западных склонах Анадырского плоскогорья и за пределами Магаданской области на Колымской низменности соединяются между собой, а в районе Нижне-Колымска впадают в Колыму. Малый Анюй протекает в сравнительно узкой долине, отделенной Анюйским нагорьем от Южного Анюйского хребта, река Большой Анюй течет между Южным Анюйским хребтом и Олойской горной цепью. Судоходство и сплав леса на этих реках возможны на значительном расстоянии.
Реки Магаданской области имеют большое народнохозяйственное значение. Они служат средством передвижения и перевозки грузов в летнее время, связывают внутренние районы области с побережьем моря. В зимнее время реки используются под санный путь. Воды рек играют важную роль в водоснабжении промышленных и жилых объектов, электростанций, используются в промывке золотоносных песков на приисках. Реки богаты рыбой. Многоводные и быстрые реки обладают неисчислимыми запасами энергии и должны стать источником получения дешевой гидроэлектроэнергии, остро необходимой для народного хозяйства.