Решения, связанные с планированием агроэкосистемы и управлением ею, носят обычно циклический характер. Плановые решения принимаются в доэксплуатационной фазе, а управляющие — в ходе реализации планов.
Выделить эти циклы относительно легко в агроэкосистемах однолетних культур, труднее — в агроэкосистемах животноводческого профиля и совсем сложно — в агроэкосистемах многолетних культур.
Плановые решения, как правило, принимаются для определенного сезона. Зимой, например, в зонах с умеренным климатом или в сухой сезон в тропиках фермер (ранчер) должен принять решение, какие компоненты ему следует включать в агроэкосистему, как они будут расположены в пространстве и времени, каковы будут количественные, качественные и временные характеристики входов и выходов. Результатом этого процесса принятия решений является модель (обычно мысленная) структуры агроэкосистемы и ее предсказуемых функций. В зависимости от уровня доверия к этим предсказаниям ранчер или фермер могут включать в план те или иные формы управленческой деятельности, которые следует реализовать при необходимости.
Управляющие решения необходимо принимать непрерывно. Когда структура задана и система начала функционировать (перерабатывать входы и формировать выходы), сразу начинается фаза управления. В это время непрерывно требуется оценивать прогнозируемое, фактическое и нормативное состояние системы. Одни управляющие решения запрограммированы и «приводятся в действие» календарем (т. е. базируются на прошлом опыте). Другие могут требовать, чтобы с системой действующих факторов была поставлена в соответствие система критериев. Например, фермер может спроектировать агроэкосистему кукурузы, которая основана на решении выращивать культуру, только когда календарные и погодные условия, а также трудовые ресурсы отвечают критериям «первая неделя мая, 25 мм осадков в течение последней недели апреля, 5 чел.-дней доступных трудовых ресурсов».
Некоторые управляющие решения при формировании плана не программируются. Если фактическое поведение агроэкосистемы очень отличается от ожидаемого, необходимо принять незапланированное оперативное решение. Это может потребовать возврата к первой фазе (переделка) или в некоторых случаях — «обращения» к травоядным, хищникам, паразитам и патогенам (отказ).