По мере старения клейстеризованного крахмала он претерпевает изменения, которые совокупно обозначают термином «ретроградация». Ретроградация представляет процесс частичной кристаллизации молекул крахмала, которые в результате клейстеризации были отделены друг от друга. Ретроградацию испытывают как растворенный крахмал, так и молекулы внутри разбухших крахмальных зерен.
При ретроградации крахмала в разбавленном клейстере аморфный тип рассеивания рентгеновских лучей свежеклейстеризованного крахмала сменялся на В-тип, характерный для кристаллического крахмала. Крахмал становится более устойчивым к действию амилаз, мутность клейстера все увеличивается, уменьшается способность к образованию окрашенного комплекса с йодом, а часть крахмала может выпасть в осадок. При концентрации примерно 5% или выше крахмал злаков образует твердые гели, жесткость которых увеличивается при хранении. Ретроградация крахмала обратима при нагревании, однако чтобы снять ее полностью, необходимо нагревание крахмала в автоклаве при 125°. Вудруфф и Мак-Мастере показали, что клейстеризованный пшеничный крахмал при замораживании между 0 и —25° претерпевает по виду заметное изменение. В нем появляется структура, состоящая из анизотропных жгутов или волокон, которые остаются при оттаивании. По сравнению с разветвленными молекулами ретроградация линейных молекул осуществляется значительно быстрее, поскольку они быстрее образуют кристаллические области. Уистлер и Джонсон установили, что ретроградация линейной фракции пшеничного крахмала при 25° через 24 часа достигала примерно 87%.