При проектировании заповедника и разработке режимов охраны степных ландшафтов, входящих в состав стационаров и их охранных зон, на основе оценки современного состояния биогеоценозов были установлены реанимационные периоды на срок от 1 до 3 лет.
На это время вводится абсолютно заповедный режим на всех территориях, входящих непосредственно в заповедник, и режим умеренного выпаса без постоянного нахождения скота в охранных зонах.
После реанимационного периода на всех стационарах намечено провести заповедное землеустройство, в соответствии с которым выделяются участки абсолютно заповедного режима и зоны строго регулируемых видов хозяйственного использования при оптимальной нагрузке для научно-экспериментальных и охранных целей.
Абсолютно заповедный режим подразумевает два варианта: пассивно заповедный и активно заповедный. Первый предусматривает полное невмешательство в существующую структуру ландшафтов и биогеоценозов. Второй рекомендуется осуществлять путем стимулирования восстановления зоокомплекса, включая диких копытных животных, в данном случае сайгаков. При выполнении этих мероприятий изыскиваются возможности для того, чтобы способствовать естественному восстановлению популяций таких животных, как сурок, дрофа, стрепет и других, для которых вводится благоприятный режим на землях, сопредельных с территорией заповедника, вплоть до их вселения в пределы охранной зоны. Что касается сайгака, то на территориях, сопредельных со стационаром «Ащисайская степь», предусматривается организация коридоров и зон покоя, в том числе оставление специальных водоемов, не посещаемых домашними животными.
После введения активно заповедного режима, как и после других охранных мероприятий, возможна корректировка в целях создания наиболее благоприятных условий для существования всей разнообразной биоты.
На участках, где восстановление зоокомплекса (в частности, возврат сайгаков) нереально, вводится заповедный режим с элементами выпаса, имитирующего выпас диких копытных животных. При этом предпочтение отдается строго регулируемому выпасу лошадей с нагрузкой, не превышающей 1 голову на 20 га. Но и в этом случае выделяются участки, где выпас не будет допускаться, и устанавливаются критические фенологические коридоры, когда степь будет находиться в состоянии полного покоя.
Заповедное землеустройство предусматривает в научно-практических целях и другие виды режимов: ограниченный по срокам и умеренным и малым нагрузкам, выпас разных видов домашних животных, выборочное сенокошение на конной тяге в оптимальные сроки и раз в несколько лет. Другие, более активные биотехнические эксперименты по поддержанию степной биоты рекомендуется проводить в охранной зоне заповедника и на прилежащих территориях.