Межклеточное вещество выполняет ряд функций и имеет большое значение в жизнедеятельности клетки.
Элементы межклеточного матрикса участвуют в адгезии клеток, связывают факторы роста и другие цитокины, регулируют клеточный рост и дифференцировку. Через растворенные в матриксе органические соединения, прежде всего гиалуроновую кислоту, гликопротеины, протеогликаны, регулируются гидрофильность и вязкость основного вещества.
Аморфное вещество может иметь свойства жидкости, геля различной степени вязкости и желе. При высокой степени накопления нерастворимых солей (гидратированных солей фосфата кальция) межклеточное вещество становится твердым и хрупким, что характерно для костных и родственных им тканей. Аморфное вещество и эластические волокна создают эластичность внеклеточного матрикса. Волокнистый компонент межклеточного вещества придает ему прочность.
Таким образом, в зависимости от соотношения аморфного и волокнистого компонентов межклеточного вещества, соотношения содержащихся в них веществ могут существенно изменять условия существования клеток, их активность и направление дифференцировки.