Производится, как и разбор проб почвенной мезофауны, на клеенке или бумаге.
Весь субстрат с пробной площади нужно сразу собрать в мешок и потом разбирать частями. Оптимальный размер пробных площадей для напочвенных беспозвоночных — 0,25 м2. Меньшие площади содержат мало крупных форм, а разборка больших площадей слишком трудоемка и при этом нарушенные растительность и моховой покров долго восстанавливаются, что слишком нарушает структуру биоценоза. Число необходимых проб зависит от особенностей распределения объекта и его численности в пробах, обычно достаточно 20—30 проб в каждом биотопе. При статистической обработке таких данных нужно иметь в виду, что распределение напочвенных беспозвоночных на площади лишь в редких случаях является нормальным, обычно оно соответствует распределению Пуассона или отрицательному биномиальному распределению (см. Макфедьен, 1965), что требует соответствующей нормировки исходных численных данных для расчетов.