Таким же образом точными исследованиями было установлено, что и руки человека, представляет собой один развившийся палец, и возникал вопрос: куда же девались остальные пальцы и были ли они у предков лошадей? В настоящее время этот вопрос, разрешён. Среди ископаемых остатков найдены все основные переходные ступени от многопалых предков к нынешней однопалой лошади.
Самый отдалённый предок лошади (он называется «эогипус») имел размеры не больше лисицы, но на передних его ногах было по четыре пальца, а на задних по три. В дальнейшем от него произошли более крупные животные, всё более приспосабливавшиеся к быстрому бегу. У этих животных вся сила и крепость ног передавались на утолщающийся средний палец, а другие, боковые пальцы всё больше уменьшались в своих размерах и становились ненужными. Небольшие косточки, так называемые грифельные косточки, у современной лошади представляют собой не что иное, как остатки этих существовавших когда-то второго и четвёртого пальцев.
Дарвин указывал, что, подобно косточкам, соответствующим задним конечностям у кита, или грифельным косточкам на ногах у лошадей, в теле любого животного можно найти большое количество подобных остатков органов, или, как говорят, рудиментарных образований. Всё это — остатки тех органов, которые имели своё полезное значение у предков ныне живущих организмов.
С течением времени рудиментарные органы потеряли своё значение и сохраняются лишь в зачаточном, недоразвитом виде. В теле самого человека мы находим множество подобных рудиментарных органов, или рудиментов, которые свидетельствуют о родстве человека с другими животными и, в частности, с обезьянами. Так, например, у человека в скелете имеется копчиковая кость, представляющая собой остаток хвоста. Есть у человека и зачатки тех мускулов, с помощью которых наши предки могли двигать ушами. У подавляющего большинства людей эти мускулы не развиты, но некоторые люди не утеряли этой способности и сейчас. Волосы подмышками у человека — тоже остаток того густого шёрстного покрова, который в отдалённые времена покрывал всё тело первобытного человека.
Особенно убедительные доводы в пользу родства и единства происхождения животных даёт изучение зародышевого развития (эмбриология). Как ни отличаются различные животные друг от друга, однако известно, что все они начинают своё существование из одной яйцеклетки, едва видимой глазом. При этом яйцеклетки кошки, кролика, собаки или человека по внешнему виду не отличаются друг от друга.
Оплодотворённая яйцеклетка делится на 2—4—8—16 клеток и так далее. Таким путём происходит постепенный рост и развитие всех животных из одной яйцеклетки. В течение некоторого времени зародыши указанных животных остаются очень похожими друг на друга. Лишь постепенно выступают сперва классовые, а затем родовые и видовые различия их между собою.
Особенно замечательно то обстоятельство, что на ранних ступенях (стадиях) развития у всех зародышей позвоночных животных, включая и человека, имеются отчётливые образования, соответствующие жаберным щелям у рыб. Это неопровержимо свидетельствует о том, что все наземные животные, как млекопитающие, так и птицы, имели своими отдалёнными предками рыб.