Возбудитель — однохозяйный базидиальный гриб Melampsora lini Desm. Поражает все надземные органы.
Спермагониальная стадия проходит на всходах и завершается в фазу елочки образованием на листочках и стеблях желтовато-кирпичных пятнышек.
Для эциальной стадии, развивающейся через 2—3 дня, характерны ярко-желтые пустулы вокруг спермагониальных пятен. В период бутонизации формируется уредостадия. Урединиопустулы разбросаны беспорядочно на верхней и нижней сторонах листовых пластинок, на стеблях и чашелистиках. Они ржаво-оранжевого цвета. Урединиоспоры вызывают перезаражение растений, давая за лето 4—5 генераций гриба. К концу вегетации на листьях, стеблях и коробочках появляются черные, блестящие, выпуклые телиопустулы в виде коростинок.
Зимует гриб в стадии телиоспор на растительных остатках. Прорастая весной, они образуют базидии с базидиоспорами, которые и заражают лен. Оптимальные условия для развития ржавчины: температура 18…22, часто выпадающие дожди, избыток азотного питания и поздние посевы. Вредоносность болезни заключается прежде всего в ухудшении качества льнопродукции: сильно снижается номер волокна, уменьшается выход семян.