Канализация предназначена для отвода из помещения мочи и навозной жижи. Устраивают жижесточные лотки вдоль проходов между рядами станков или стойл с уклоном в сторону стока. По ним жидкие стоки поступают в жижеприемник, который располагают не ближе 5 м от здания. Канализационную систему оборудуют гидравлический затворами, предохраняющими от проникновения дурно пахнущих газов из жижесборника в помещение. Из жижесборника содержимое периодически вывозят специальным транспортом на поля или для увлажнения навоза в навозохранилище.
При содержании животных на глубокой подстилке канализационных сооружений не устраивают, так как навозная жижа впитывается в подстилку. В качестве подстилки используют солому, торф, опилки. Подстилка обеспечивает животным теплое, сухое и мягкое ложе, улучшение микроклимата. Поэтому подстилка должна быть сухой, мягкой, влагоемкой, гигроскопичной, без плесени. Наибольшей влагоемкостью и способностью поглощать газы, а также бактерицидными свойствами обладает верховой (сфагновый) торф. Озимую солому лучше применять в виде сечки длиной 10 — 15 см. Для улучшения удобрительных качеств навоза и газопоглощаемости соломенной резки или торфа в них добавляют суперфосфат из расчета 4 кг на 1 ц подстилочного материала. Суточные нормы подстилки зависят от ее качества, вида.
Удаление навоза гидросмывом, практиковавшееся на крупных комплексах, в настоящее время запрещено, так как это приводит к накоплению громадного количества жидкого навоза, ухудшает микроклимат помещений, требует больших затрат воды, осложняет экологическую обстановку.
В некоторых помещениях с решетчатым полом применяют подпольное хранение навоза. С выгульных площадок навоз сгребают в кучи и вывозят в навозохранилища. Последние обеспечивают хранение навоза с наиболее полным соблюдением требований по профилактике инфекционных и инвазионных болезней, борьбе с мехами, предохранения окружающей среды от загрязнения, а также для получения ценного удобрения. Практикуют несколько способов хранения навоза в навозохранилищах или буртах-штабелях.
Холодный (плотный) способ применяют в хозяйствах, благополучных по инфекционным и инвазионным заболеваниям. Вывезенный навоз утрамбовывают, при этом создаются анаэробные условия, при которых температура воздуха внутри навоза не поднимается выше 36°С, что значительно ограничивает потери азота. Горячий (рыхлый) способ хранения отличается тем, что навоз сначала складывают рыхло, без уплотнения, на 4 — 5 дней, а когда температура в нем поднимается до 60 — 70°С, его уплотняют. Так поступают с каждым слоем навоза. Потери азота при этом способе выше, но обезвреживание происходит более полно. Навоз от инфекционных больных животных подвергается специальному обеззараживанию.
Размеры навозохранилищ определяют в зависимости от числа животных на ферме.