Сбор можжевеловых ягод проводят в осенний период, после полного их созревания, путем встряхивания растения или нанесения палками незначительных ударов по ветвям (сбор руками затруднителен вследствие колючести хвои).
С целью предохранения можжевеловых ягод от загрязнений при сборе под плодоносящим растением рекомендуется разостлать подручный материал (рогожи, полотнища и пр.). После сбора плоды надо немедленно направлять для технической переработки.
Одним из наиболее доступных и распространенных способов консервирования сырья при заготовке, ставящим целью сохранить можжевеловые ягоды продолжительный период без порчи в обычных условиях, является сушка их на воздухе, но без доступа солнечного света. Последний оказывает отрицательное влияние на некоторые вещества, имеющие особо важное значение при использовании ягод в лечебных целях.
Высушенные плоды должны иметь чернобурую или черную окраску, быть гладкими, блестящими или матовыми, обладать своеобразным смолистым, ароматическим запахом, сладковатым вкусом, влажность их не должна быть больше 20%, зеленых ягод в них не должно содержаться больше 0,5%, бурых недозрелых сильно сморщенных и мятых 6%, частей других растений и минеральной примеси 0,5% (ГОСТ 2802—45).
Ароматические вещества, содержащиеся в плодах, обладают антисептическими (консервирующими) свойствами, поэтому они характеризуются относительно высокой лежкоспособностью.
В лечебных целях используют вполне зрелые ягоды можжевельника обыкновенного в виде соков, настоев, мазей, эфирного масла, а также и сушеные.
Можжевеловые ягоды, вследствие повышенного содержания эфирных масел, оказывает возбуждающее действие на организм, подобно сильным пряностям.
В русских печах можжевеловые ягоды сушить не следует во избежание потери качества, плоды приобретают морщинистый вид.
Из свежих плодов можжевельника обыкновенного приготовляют эссенции, которые используют в гомеопатии.
Из древесины ветвей и листьев можжевельника путем перегонки их водяным паром получают эфирное масло, схожее со скипидаром, но, в отличие от него, обладающее более приятным ароматом. Эфирное масло из этих частей растения представляет собой бесцветную жидкость удельного веса 0,830—0,840. В древесине его содержится от 0,5 до 0,9%.
При сжигании древесины ствола и корней можжевельника появляется приятно-бальзамичный аромат.
Можжевельник дает «пахучую» хорошо полирующуюся твердую, плотную, но легкую древесину (удельный вес в сухом состоянии 0,62), мелкого сложения, красивого рисунка, слегка лоснящуюся с красновато-желтым ядром. Используют древесину для производства мелких токарных, столярных изделий и поделки молочной посуды.
Вследствие того что древесина можжевельника обладает «ароматом» (запахом), ее применяют для «окуривания» и дезинфекции тары (бочек и другой посуды), помещений и т. п. Хвою и ягоды используют для приготовления ароматических ванн. Древесину, хвою и ягоды также применяют при копчении мясных и рыбных продуктов.
Ствол и старые ветви можжевельника дают смолу, которая выступает из образовавшихся трещин в виде небольших капель или комочков. Смолу используют для производства сандрака, который применяют в лако-красочной промышленности для выработки превосходного качества белого лака.
Сухой перегонкой из древесины можжевельника красного, произрастающего на Кавказе и в Крыму, можно получать можжевеловый деготь, или так называемое «пригорелое масло можжевельника», которое используют в технике и в медицине.