Флавивирусы размножаются в клетках насекомых, грызунов, свиней, крупного рогатого скота и человека.
Вирионы флавивирусов сферической формы, диаметром 40—60 нм, имеют липидную оболочку. Капсид образован капсидным протеином, а оболочка содержит 2—3 мембранных протеина, кодируемых вирусом.
Геном представлен одной односпиральной, линейной, позитивной молекулой РНК. Размер РНК флави-, пести — и гепацивирусов соответственно 11,0, 12,3 и 9,6 kb. Все вирусы семейства Flaviviridae имеют один небольшой основной капсидный протеин и два (Hepacivirus и Flavivirus) или три (Pestivirus) мембрано-ассоциированных протеина. Липиды оболочки флавивирусов имеют клеточное происхождение. Липидные компоненты пести — и гепацивирусов не идентифицированы. Углеводороды присутствуют в вирионе в виде гликолипидов и гликопротеинов.
Геномная РНК вирусов всех трех родов имеет сходную организацию. В инфицированных клетках обнаруживают мРНК. Синтез РНК происходит в цитоплазме в ассоциации с мембранами через синтез негативных промежуточных форм. Сборка вириона и приобретение оболочки происходят на внутриклеточных мембранах, после чего частицы транспортируются в секреторных цитоплазматических везикулах и высвобождаются из клетки путем экзоцитоза.
Между вирусами разных родов антигенного родства нет. Перекрестная активность в серологических тестах наблюдается на внутриродовом уровне.
Семейство флавивирусов имеет в своем составе три рода: Flavivirus, Hepacivirus, Pestivirus.
Род Flavivirus. Включает только вирус желтой лихорадки, распространяемый членистоногими переносчиками (москитами и клещами), в которых он активно размножается. Некоторые флавивирусы являются биологическими агентами зоонозов грызунов и летучих мышей, не связанных с участием членистоногих переносчиков.
Род Hepacivirus. Включает в себя патогенный для людей вирус гепатита С, который передается с контаминированной кровью или продуктами крови.
Род Pestivirus. Включает вирусы вирусной диареи крупного рогатого скота 1 (BVDV-1) и 2 (BVDV-2), а также вирус классической чумы свиней (CSFV).
Вирионы сферические, оболочечные; диаметр их 40—60 нм. На поверхности вириона различают кольцевидные субъединицы размером 10—12 нм. Структура и симметрия пока не изучена. Плавучая плотность в сахарозе 1,10—1,15 г/см3, коэффициент седиментации 140—150S. Инфекционность вируса стабильна в пределах широкого спектра pH, но быстро снижается при воздействии растворителей и детергентов.
Геном представлен односпиральной, позитивной, линейной РНК; размер ее примерно 12,3 kb. У некоторых цитопатогенных штаммов BVDV-1 в определенных участках генома идентифицированы небольшие вариабельные интегрированные фрагменты нуклеиновой кислоты. В состав вириона входит четыре структурных протеина и липидная оболочка.
Репродукция пестивирусов начинается рецептор-опосредованным эндоцитозом. Затем после раздевания геномная РНК служит в качестве иРНК. Субгеномных молекул мРНК нет. В ассоциации с внутрицитоплазматическими мембранами образуются репликативные формы РНК пестивирусов. Вирионы созревают во внутриклеточных везикулах и высвобождаются путем экзоцитоза. Значительное количество инфекционных вирусных частиц остается клеточно-ассоциированным. Синтез клеточных РНК и протеинов продолжается в процессе инфекции.
Пестивирусы антигенно родственны, имеют общие эпитопы, участвующие в перекрестной активности. Они инфицируют свиней и жвачных, включая крупный рогатый скот, овец, коз и диких жвачных. Пестивирусные инфекции могут протекать субклинически и сопровождаться различными клиническими состояниями, включая диарею, острый геморрагический синдром, острую фатальную болезнь. Трансплацентарное инфицирование может приводить к смерти плода или развитию пожизненной персистентной инфекции.
Большинство вирусных изолятов нецитопатогенны и создают персистентную инфекцию в культуре клеток.