В оптимальных условиях произрастания, на свободе и в редких культурах, кедр сибирский начинает плодоносить в 10-20 лет, в насаждениях — в 40-50 лет.
В сомкнутых древостоях таежной зоны половое возмужание затягивается до 50-70 лет, а в северных и высокогорных районах — до 100 лет. При длительном нахождении под пологом лиственных пород кедр вступает в семеношение лишь после его разрушения, в 100-150 лет. Средняя продолжительность семеношения дерева — 200-300 лет, отдельные особи сохраняют его до 500-600-летнего возраста.
Первые шишки появляются на самой вершине, позднее они образуются на побегах нижележащих мутовок, в верхней и средней частях кроны. Здесь, в женском и смешанном генеративных ярусах, формируется основной урожай дерева. Мужские пыльники образуются в смешанном и, в основном, в нижерасположенном мужском ярусе. Они появляются на несколько лет позже, чем макростробилы. В фазе устойчивого смешанного цветения по степени преобладания мужских побегов над женскими, выделяются половые типы деревьев. Половая дифференциация обусловлена не только возрастной изменчивостью и влиянием экологических факторов, но и генетическими особенностями.
Семенная продуктивность у кедра сибирского изменяется с возрастом. После начала плодоношения урожай кедровых орехов интенсивно повышается, по мере приближения к апогею несколько замедляется. Достигнув его, в течение 40-60 лет сохраняется на достаточно высоком уровне, затем в течение 80-100 лет медленно, а к концу жизни — быстро снижается. Возраст достижения наивысшей орехопродуктивности и её продолжительность имеют географический характер. Они зависят от условий произрастания и индивидуальных особенностей деревьев. Раньше (в 160-200 лет) появляются максимальные урожаи орешков, и короче период максимальной орехопродуктивности (до 240 лет) в кедровниках западной части Забайкалья. Позже (в 180-220 и 220-280 лет) наступает апогей плодоношения, и дольше сохраняются высокие урожаи (до 300-350 и 340-360 лет соответственно) в насаждениях северо-западной части Восточного Саяна и черневой тайги Северо-Восточного Алтая. В припоселковых, преимущественно редкостойных кедровниках, максимальные урожаи орешков отмечаются с 80 до 180 лет, в сомкнутых условно-одновозрастных насаждениях — со 130 до 220 лет.
Орехопродуктивность кедровых насаждений постепенно снижается от области экологического оптимума к северной части его ареала и верхней границе произрастания в горах.
В низкогорье и южной равнинной тайге средние, хорошие и обильные урожаи бывают 14 раз за 20 лет, а их величина колеблется от 120 до 200 кг/га. В среднегорье (800-1300 м над уровнем моря) и южной полосе средней тайги они появляются за это время 11 раз, при семенной продуктивности насаждений 90-150 кг/га, в высокогорье и на северном пределе распространения вида — всего 5 раз (30-50 кг/га). В долготном направлении, при сопоставлении кедровников в пределах одной лесорастительной подзоны на равнине и одного высотного пояса в горах, изменений в семенной продуктивности не выявлено.
Значительно колеблется семенная продуктивность кедровников и в пределах одного лесорастительного района. В одинаковые по урожайности годы различия в продуцировании орешков с 1 га насаждений достигают 3-6 раз. Они обусловлены условиями произрастания и строением древостоев — типом леса, полнотой, составом, возрастом, особенностями развития деревьев, формированием и генотипической структурой популяций. В высокоурожайных насаждениях на 1 га в среднеурожайные годы формируется биологический урожай орехов, определяемый общим числом заложенных женских шишек, в пределах 150-300 кг, в высокоурожайные — 250-600 кг. Возможный промышленный сбор семян, с учетом различных потерь, на 50-60% меньше. В оптимальных условиях произрастания в годы обильных урожаев он составляет 100-140 кг/га. Средняя его величина за многолетний период для большинства районов не превышает 50-60 кг. Наиболее высоким и сравнительно устойчивым плодоношением кедр сибирский отличается в южной тайге Западно-Сибирской равнины, предгорьях и низкогорьях Алтая и Саян, а также в горно-лесном поясе Забайкалья.
Для семеношения кедра сибирского характерна чрезвычайно высокая неравномерность урожаев по годам, проявляющаяся в смене высокоурожайных лет средне — и низкоурожайными. Строгой периодичности в репродуктивной деятельности не наблюдается. Значительное влияние на данный процесс оказывают эколого-географические факторы. Другая особенность семеношения этой породы — сходная урожайность на значительной части ареала и полное отсутствие урожаев в отдельные годы на всей территории распространения кедра. Это связано с определенным влиянием на репродуктивную деятельность атмосферных явлений и солнечной активности. Вместе с тем в отдельных регионах, в пределах широтной зоны или высотного пояса, отмечаются отклонения от этой общей закономерности в формировании семян. То есть благодаря многообразию лесорастительных и почвенно-климатических условий на территории естественного произрастания кедра сибирского в какой-то части его ареала ежегодно имеется урожай кедровых орехов.
Особенности его формирования в значительной мере зависят от генотипической структуры популяций, т. е. от индивидуальных особенностей составляющих насаждения деревьев. Чем они более неоднородны по семенной продуктивности, тем чаще в насаждении случаются урожаи орехов, тем выше генотипический потенциал вида, тем более вероятно наличие среди них генотипов с выдающимися показателями урожайности. Они являются исходным материалом для создания высокоурожайных орехопродуктивных плантаций и посадок.