Современная система семеноводства льна-долгунца предусматривает непрерывное обновление семян районированных сортов с одновременным ускоренным внедрением в производство новых районированных сортов.
Первичное семеноводство льна в стране ведут 34 научно-исследовательских учреждения во главе с Всесоюзным НИИ льна, на который возложено методическое руководство семеноводческим процессом. Исходные партии обновленных семян создают в течение четырех лет. Улучшение семян достигается отбором лучших типичных растений, проверкой их в потомстве, отбраковкой худших семей и составлением из лучших типичных семей партий семян для дальнейшего размножения и использования.
Первый год — из питомников отбора или элитных посевов отбирают лучшие, типичные для сорта маточные растения.
Второй год—питомник проверки маточной элиты. В нем широкорядно высевают семена маточных растений (каждого отдельно). Полученное потомство оценивают по семьям на содержание волокна. Перед уборкой бракуют семьи, сильно пораженные болезнями, отличающиеся по высоте растений и созреванию. Семьи здоровые, типичные для сорта, не различающиеся по содержанию волокна, общей высоте и созреванию растений, обмолачивают отдельно и особое внимание уделяют получению семенного материала, однородного по посевным и сортовым качествам. Семена семей, отвечающих этим качествам, объединяют. Сформированная партия семян получает название маточной элиты.
Третий-четвертый годы — размножение маточной элиты. На третий год при первом пересеве семян маточной элиты проводят сортовые прочистки, выбраковку растений, уклонившихся от типа сорта, полевую апробацию. Созревшие растения убирают. Партия собранных семян получает название маточной элиты первой генерации. На четвертый год после второго пересева и тех же мероприятий, как и при первом пересеве, партия семян получает название маточной элиты второй генерации.
Дальнейшее размножение семян осуществляют через льносемстанции, играющие решающую роль в семеноводстве льна-долгунца и переводе его на промышленную основу. Льносеющие районы страны разбиты по сходным природно-климатическим условиям на отдельные зоны с одним или несколькими административными районами. В каждой зоне имеется межрайонная льносеменоводческая станция. Первая была организована в 1931 г. в Смоленской области, в Сафоново. Она положила начало созданию сети льносемстанций, в стране их организовано 143.
В задачи станций входят организация размножения семян в семеноводческих хозяйствах, внедрение новых перспективных и районированных сортов в производство, заготовка льносемян, а также плановое сортообновление и сортосмена. Работают льносемстанции на основе кооперации с совхозами и колхозами.