От пестроногого подкаменщика сибирский отличается тем, что внутренний луч брюшных плавников больше половины их длины (у пестроногого он меньше 40 процентов длины плавника).
Обычные размеры сибирского подкаменщика в Телецком озере: абсолютная длина от 3 до 12 сантиметров (в среднем 6,4) и вес от 1 до 43 граммов (в среднем 9,3). Изредка попадаются особи до 14 сантиметров абсолютной длины. Преобладают рыбы в возрасте 5 лет, имеющие длину 7,1 сантиметра и вес 8 граммов. Возраст экземпляра в 12 сантиметров абсолютной длины и весом 43 грамма равнялся 9 годам.
Встречается в тех же местах, где и пестроногий подкаменщик, и питается так же, как он. В двух случаях из 110 исследованных рыб отмечено хищничество: в желудке обнаружены мелкие подкаменщики не установленного точно вида.
По исследованию С. Д. Титовой, у сибирского подкаменщика в озере Телецком обнаружено 11 видов паразитов. Часто рыбы болеют тетракотилезом, лигулезом, диплостоматозом и другими паразитарными заболеваниями. Способы лова те же, что и пестроногого подкаменщика.