Длительность инкубационного периода при естественном заражении точно не установлена. На основании эпизоотологических наблюдений он продолжается до 40 дней.
У абсолютного большинства лошадей болезнь протекает весьма остро. По отдельным наблюдениям, около 80% заболевших погибали на вторые сутки. У большинства выздоровевших лошадей перелом в течении болезни происходит на 2—3-й день.
Продормальный период при инфекционном энцефаломиелите продолжается от нескольких часов до суток. В этом периоде наблюдается отказ от корма или извращение аппетита, некоторая депрессия или возбуждение, атаксия или автоматическое движение животных вперед, начальные признаки расстройства координации, травмы слизистой оболочки ротовой полости. Наличие всего этого симптомокомплекса необязательно, могут проявляться лишь отдельные симптомы.
В основном периоде болезни преобладают нервный синдром, желтуха, отсутствие или значительное ослабление перистальтики. Иногда в начале болезни желтуха еще не выражена. Когда состояние животного улучшается и начинается выздоровление, то прежде всего появляется перистальтика; остальные симптомы исчезают несколько позже, причем дольше не исчезает желтуха.
Деление инфекционного энцефаломиелита по клиническому проявлению на буйную и депрессивную формы весьма условно. Смена депрессивного состояния возбуждением и обратно наблюдается очень часто.
В нервном синдроме обращают внимание на жевательные и присасывающие движения рта, непроизвольные движения губ, зевоту, мотание головой. Отмечают стремление некоторых больных хватать зубами землю, без попытки глотать ее, парез кишечника, парез языка и жевательных мышц, гемипарез губ, парез задних конечностей и хвоста. Состояние кишечника имеет большое диагностическое и прогностическое значение. По данным указанной выше комиссии, из 31 лошади с полной атонией кишечника пали 22, из 19 с ослаблением перистальтики пало 5. Парез языка также выражен тем сильнее, чем тяжелее болеет животное.
У больных лошадей наблюдают исчезновение или значительное ослабление волосковых и кожных рефлексов, главным образом грудного, подвздошного и анального рефлексов. Ушной рефлекс исчезает реже, но Часто ослабляется. Следует отметить, что в начальной стадии болезни кожные рефлексы в 40% случаев еще не изменены. Исчезновение анального рефлекса сопутствует тяжелому течению болезни.
Отмечают локомоторные нарушения расстройства координации: атаксия, автоматическое движение вперед без обхода препятствий, манежные движения, внезапное падение, неправильная постановка конечностей, упирание головы в землю, опора корпуса боком, собачья поза у некоторых лежачих лошадей, а также плавательные движения конечностей. Во многих случаях уже в начальном периоде болезни лошадь трудно осадить назад, при повороте она спотыкается.
Характерны также фасцикулярная дрожь и подергивание отдельных групп мышц: плечевого пояса, грудных, шеи, передних конечностей, брюшной стенки, бедренных. Наблюдается тремор языка.
При ударе перкуссионным молотком по плечевой бедренной группе мышц можно вызвать тоническое сокращение мышц (образование валика). К особо тяжелым расстройствам центральной нервной системы следует отнести гипостезию кожи, расстройство глотания и полную или частичную потерю зрения. У больных отмечают учащение дыхания, иногда весьма значительное — от 40 до 60 в минуту; учащение пульса от 48 до 78, а у некоторых больных — до 90. Испытание лошадей на вегетативный глазо-сердечный рефлекс (путем подсчета пульса до и после надавливания на глазное яблоко), почти, как правило, замедления пульса не дает. Температура при ИЭМ нормальная, в конечном периоде часто субнормальная. Повышение температуры иногда наблюдается в предклиническом периоде. Относительно часто отмечают потение лошади, обычно всего кожного покрова, нередко отдельных участков кожи. Саливацию наблюдают редко. Больные лошади в течение короткого периода резко худеют.
В начальном и основном периодах болезни количество эритроцитов и показатель гемоглобина чаще повышены или в пределах верхней границы нормы. На высоте заболевания наблюдают гиперлейкоцитоз, глубокий дегенеративный сдвиг в нейтрофильной группе влево. Уже в первый день болезни наступает анэозинофилия и лимфопения. В период выздоровления мы отмечали
эозинофилию. К 10—20-му дню выздоровления процент эозинофилов достигает 11—12, а лимфоцитов — 41—58. Отмечается быстрое, скачкообразное и резкое нарастание билирубина в сыворотке крови. По данным указанной выше комиссии, количество билирубина колебалось у разных больных (в единицах по Мейленграхту) в пределах от 10 до 100 (чаще от 20 до 50 единиц), нарастая с развитием болезни — Важное значение в диагностике ИЭМ имеет РОЭ как метод, весьма тонко определяющий глубокие гематологические изменения. По данным комиссии, у 32% больных лошадей была установлена резкая задержка РОЭ. Часто мы наблюдали так называемый нулевой показатель — оседания эритроцитов не происходило. Резкую задержку РОЭ часто отмечают уже в первый день заболевания. Задержка РОЭ хотя и характерна для ИЭМ, но регистрируется не у всех больных. Появление при лечении животного нормальных или близких к норме показателей РОЭ можно рассматривать как один из моментов благоприятного прогноза.