Заболевание обычно развивается медленно. У животных снижаются упитанность и продуктивность, молодняк отстает в росте и развитии. Волос становится матовым, ломким. Линька задерживается. Эластичность кожи снижается. Особенно характерны симптомы остеодистрофии: шаткость зубов, поперечных отростков поясничных позвонков, искривление костей конечностей.
Суставы ног увеличены, деформированы, иногда болезненны. Координация движений нарушается, возникает хромота. Рассасываются последние хвостовые позвонки (остеолиз).
При нерозе у птиц утолщаются и искривляются трубчатые кости конечностей и крыльев. Припухает коленный сустав. В связи с расслоением связок и мышечных сухожилий птицы не могут стоять, ноги подвертываются в суставах.
Как у млекопитающих, так и у птиц появляются симптомы миокардиострофии. Сердечный ритм учащается. В связи со снижением тонуса и сократимости миокарда первый тон сердца становится глухим и слабым. Сердечные тоны могут расщепляться и раздваиваться. Артериальный пульс ослабевает.
Дистрофические процессы в печени проявляются увеличением поля печеночного притупления, развитием более или менее выраженной паренхиматозной желтухи (Г. Я. Стриха, 1983).
Анемический синдром выражается бледностью видимых слизистых оболочек, уменьшением количества гемоглобина и эритроцитов в крови.
Упитанность животных снижается, при длительном течении болезни развиваются признаки истощения.
Половые циклы у самок нарушаются. У самцов развивается некроспермия. Возникает бесплодие, и воспроизводительная функция популяции подавляется. Регистрируют аборты, мертворожденность.
При биохимических исследованиях крови обнаруживают изменение показателей общего кальция и неорганического фосфора, снижение щелочного резерва. Специфическим признаком марганцевого гипомикроэлементоза считают снижение концентрации марганца в крови (менее 2 мкг/100 мл).