Их создают путем биоорганического синтеза антигенных детерминант протективных вирусных белков.
Получение таких вакцин возможно при полной расшифровке структуры (последовательности аминокислот) этих антигенных детерминант. Синтетические вакцины — это препараты, содержащие искусственно синтезированные короткие пептиды, имитирующие небольшие участки протективных антигенов вируса, способные вызвать специфический иммунный ответ организма и защитить его от конкретного заболевания. Для получения таких вакцин используют автоматические синтезаторы. Однако синтетические пептиды оказались слабыми антигенами, и для усиления иммуногенности они нуждаются в соединении с белком-носителем или синтетическим биополимером (мурамилпептид, сополимеры Д-глутамина и др.).
Проблема, связанная с синтетическими пептидами, состоит в том, что многие антигенные вирусные детерминанты представляют собой не непрерывную последовательность аминокислот, а конформационные кислотные участки, собранные вместе благодаря пространственной организации белка. Для иммунного ответа конформация является очень важной. Циклизированные пептиды показали большую иммуногенность, чем их линейные аналоги.
Возможность использования синтетических пептидов для индукции иммунитета у животных впервые была показана на примере ящура. Это стало возможным после того, как было установлено, что за индукцию вируснейтрализующих антител вируса ящура ответственен белок VP-1. Позднее был синтезирован пептид, содержащий аминокислотные последовательности VP-1 (141 — 160), который связали с гемоцианином и адъювантом Фрейнда. Вакцину испытали на морских свинках, свиньях и крупном рогатом скоте. Вакцина защитила животных от заболевания при заражении их вирулентным штаммом вируса. Однако антительный ответ был в 10—100 раз ниже, чем после иммунизации цельными вирионами. Указанная вакцина не нашла широкого практического применения.
Получены обнадеживающие результаты применения синтетических вакцин против гриппа, гепатита В, полиомиелита и др.