Почва представляет собой естественную среду для нормального развития различных организмов и поэтому обильно населена разнообразными микроорганизмами.
В ней на растительных остатках перезимовывают и сохраняются некоторое время возбудители многих болезней сельскохозяйственных растений, например возбудители фузариоза и корневой гнили злаков, серой гнили и склеротиниоза многих культур, увядания хлопчатника и др.
Состав почвенных микроорганизмов, в том числе возбудителей болезней, не остается постоянным, а подвержен изменению под влиянием обработки почвы. В зависимости от способа обработки почвы, сроков и глубины вспашки изменяются физические свойства и структура ее, меняется влажность и температура. Это влияет на условия существования возбудителей болезней, ограничивая или ликвидируя заразное начало некоторых патогенных организмов. Обработка почвы не только обеспечивает прочную комковатую структуру ее, но и служит важным средством для снижения потерь урожая, вызываемых болезнями, и ведет к очистке почвы от источников инфекции.
Обработка почвы имеет очень большое значение в борьбе с ржавчиной злаков. На падалице злаков сохраняются уредоспоры бурой листовой ржавчины пшеницы и ржавчины ржи, откуда ржавчина распространяется на всходы озимых. На стерне злаков остаются телейтоспоры стеблевой ржавчины пшеницы и корончатой ржавчины овса.
При раннем лущении стерни уничтожается падалица, а вместе с ней и уредоспоры ржавчинных грибов. Глубокая зяблевая вспашка способствует заделке на большую глубину телейтоспор ржавчины, возбудителей фузариоза, склероциев белой гнили, которые там погибают или теряют способность к прорастанию. Поэтому ранняя вспашка на зябь полей, вышедших из-под озимой и яровой пшеницы, является радикальной мерой, предупреждающей распространение ржавчины с зараженной падалицы на всходы озимой пшеницы.
Лущение стерни вслед за уборкой зерновых культур, а затем проведение ранней глубокой зяблевой вспашки — важнейшие мероприятия в борьбе с корневыми гнилями пшеницы. При такой системе зяблевой обработки почвы будут подавлены возбудители корневой гнили (трахеомикоза) пшеницы на растительных остатках в почве.
Регулярной культивацией чистых паров, поддержанием полей в рыхлом и чистом от сорняков состоянии до посева озимых по занятым парам и непаровым предшественникам обеспечивается уничтожение сорной растительности, которая служит растениям-хозяевам многих возбудителей болезней сельскохозяйственных культур.
Ранняя шаровка и систематическое рыхление почвы на плантациях сахарной свеклы имеет большое значение в борьбе с корнеедом. Этот агроприем приводит к снижению поражения корней перетяжкой шейки сахарной свеклы.