Систематика — наука о разнообразии организмов и их взаимоотношениях друг с другом.
Систематика грибов является одним из основных разделов микологии. Задачи систематики — описание, определение видов и их классификация, восстановление путей эволюционного развития грибов.
Системы могут быть искусственными, естественными и филогенетическими. В искусственных системах объединение видов осуществлялось на основе одного или немногих общих морфологических признаков. Такие системы не всегда отражали генетические связи между группами организмов. Венцом искусственных систем явилась система органического мира, созданная К. Линнеем. В ней грибы и некоторые другие организмы были отнесены к XXIV классу под названием «хаос». Естественные системы основаны на сходстве большого количества признаков (не только морфологических). На основе естественных создаются филогенетические системы, в которых отражаются эволюционные связи между организмами.
Грибы чрезвычайно трудно систематизировать по ряду причин.
1. У грибов, в отличие от высших растений, невелико разнообразие морфологических признаков. Особенно это касается вегетативной части таллома. Имея перед собой лишь мицелий гриба, трудно установить его принадлежность даже к отделу. Например, у сумчатых и базидиальных грибов мицелий с перегородками. Различие же их лишь в том, что у базидиальных грибов обычно (но не всегда) над перегородкой образуется вырост — пряжка.
2. Грибы часто обладают одинаковым строением в силу конвергентного сходства, обусловленного, например, паразитическим образом жизни.
3. Грибы имеют особый тип эволюционного процесса (симгенез). В результате этого процесса объединяются геномы организмов (А + В), относящихся даже к разным царствам. Новый организм (С) дает начало новой эволюционной линии.
4. По грибам существует мало палеомикологических материалов. Так как споры грибов довольно устойчивы к факторам внешней среды, то спорово-пыльцевой анализ широко используется в палеомикологии. Имеются отпечатки растений с паразитическими грибами, а также окремненные остатки шляпочных и трутовых грибов.