Единого взгляда на классификацию лишайников в настоящее время не существует.
Лишайники состоят из двух компонентов, фотобионта и микобионта. В основу классификации положены признаки, характерные для микобионта: развитие и строение плодовых тел, строение сумок, спор, конидий. Учитывается также таксономическая принадлежность фотобионта и особенности слоевища как единого целого. Большое значение имеет химический состав, метаболиты лишайников (хемотаксономия).
Учитывая систематическую принадлежность микобионта, лишайники рассматривают в составе отделов Ascomycota и Basidiomycota.
Отдел Ascomycota (сумчатые грибы)
Лихенизированные грибы входят в состав двух классов: Arthoniomycetes (артониомицеты) и Lecanoromycetes (леканоромицеты). Виды класса Arthoniomycetes распространены чаще всего в тропических и субтропических областях.
Наиболее обширным является класс Lecanoromycetes (леканоромицеты) и порядок Lecanorales (леканоральные). У представителей порядка образуются плодовые тела в виде апотециев леканорового, лецидеевого и биаторового типов. Разнообразны типы слоевищ — от накипных до кустистых. Фотобионт может быть один (зеленые водоросли или цианобактерии) или оба вместе. Из зеленых водорослей часто встречается требуксия (Trebouxia). Наиболее известны роды биатора (Biatora), леканора (Lecanora), кладония (Cladonia), пармелия (Parmelia), гипогимния (Hypogymnia), цетрария (Cetraria), эверния (Evernia) и уснея (Usnea).
Из других порядков этого класса распространены представители родов умбиликария (Umbilicaria), лобария (Lobaria), пельтигера (Peltigera), ксантория (Xanthoria) и фисция (Physcia).
Отдел Basidiomycota (базидиальные грибы)
Считают, что базидиальные лишайники являются наиболее молодой группой в эволюционном плане. Эта малочисленная группа лишайников относится к классу Agaricomycetes (агарикомицеты). Обитают они не только в тропических и субтропических областях, но и в умеренных широтах. Фотобионтом являются чаще цианобактерии, но могут быть и зеленые водоросли или и те, и другие вместе. Плодовые тела микобионтов — базидиомы. Заслуживают внимания такие роды, как диктионема (Dictyonema), мультиклавула (Multiclavula) и лихеномфалиа (Lichenomphalia).