Механистические теории не объясняют специфических особенностей живых существ, основной особенностью которых является целостность.
Витализм же, давая свое толкование органической целостности, сводит ее к нематериальным факторам, отрицая, таким образом, возможность их естественнонаучного понимания. Мы же исходим из положения, что истинная трактовка должна оставаться материалистической и вместе с тем диалектически объяснять явление целостности.
Ясно, что любая попытка свести без остатка жизненные феномены к процессам отдельных независимых слагаемых не может иметь никакого успеха, и с этой точки зрения нетрудно видеть, в чем заключается принципиальная ошибочность таких теорий, как гипотеза «клеточного государства», теория детерминантов (Вейсман), гипотеза сведения жизненных явлений к физико-химическим процессам, протомерная гипотеза Гейденгайна, надмицеллярность Немилова и т. д. Одним из основных положений современной биологии является утверждение, что жизненные процессы свойственны только лишь организмам, характерной особенностью которых является особая системная организация вещества, что и создает новое качество материи — жизнь. Понятие системы представляет собой особую проблему, и, следовательно, при изучении даже наиболее простых живых существ наряду с вопросом относительно причинности отдельных процессов должен ставиться также вопрос об органической целесообразности этих явлений.
О «загадках системы» говорили и писали многие крупные исследователи последнего времени. Эту идею мы встречаем, например, у крупного голландского физиолога Г. Ж. Иордана (1877—1943), считавшего, в частности, что биологическое исследование должно вестись «синтетическим методом». Однако в его конкретной работе все дело в конце концов все же сводится по существу к более сложному комплексному описанию явлений.
Число фактических наблюдений, обосновывающих представление системности организма, непрерывно возрастает. Живой организм следует рассматривать как индивидуализированную единицу, составленную из целого ряда более простых, соподчиненных систем; таким образом, надо говорить об иерархии систем. Например: клетка → гистосистема первого порядка (альвеола, ацинус, остеон и т. п.) → гистосистема второго порядка (долька железы, гаверсова система кости и т. п.) → гистосистема третьего порядка (железа, кость и т. п., т. е. орган) → организм. Конечно, на самом деле построение организма может быть гораздо сложнее, ибо системы составляются не только из равноценных единиц, но в их состав входят и другие качественно различные структуры, между которыми создаются разнообразные взаимоотношения (например, нефрон). Все это создает условия, определяющие стабильность системы, но система живых элементов сохраняет свои особенности и свойства независимо от колебаний внешних условий (конечно, в известных пределах), или же она гибнет.
Вышеприведенное понимание проблемы проводит резкую грань между живым существом, агрегатом и машиной, хотя последняя тоже может пониматься как система, но система гетерономная, т. е. подчиняющаяся закономерностям, вытекающим не из ее существования. Любая машина работает только под влиянием внешних воздействий и производит только определенные процессы, не имеющие никакого отношения к поддержанию той системы, которую она представляет.
Представление о клетке как биологической системной единице является лишь одним из звеньев в общей цепи иерархических ступеней развития материи. Однако клеточная ступень организации имеет для биологии, может быть, наибольшее принципиальное значение. В силу этого с точки зрения истории развития (эволюции) вопрос о возникновении клетки особенно важен, ибо он совпадает с проблемой происхождения жизни на Земле. Трудность проблемы усугубляется тем, что представления о предклеточных стадиях эволюции живой материи до сих пор остаются в области гипотез, которые подтвердить фактическими данными практически, по-видимому, пока невозможно.