Выращивание пропашных культур сопровождается возникновением проблем, связанных со значительным распространением вредителей. Например, согласно проведенным оценкам, около 25 % урожая сельскохозяйственных культур в США теряется ежегодно из-за насекомых-вредителей и патогенов.
Методы управления этими агроэкосистемами, целью которых является обеспечение максимальной первичной продуктивности, всегда включают проведение мероприятий по борьбе с вредителями.
Пестициды, вырабатываемые химической промышленностью, являются важным средством борьбы с вредителями. По оценкам, из 453,6 тыс. т используемых в США пестицидов около 49 % расходуют на борьбу с болезнями и вредителями. Приблизительно 34,4 млн. га посевов пропашных культур обрабатывают ежегодно инсектицидами и фунгицидами. В интенсивно управляемых агроэкосистемах возделывания кукурузы, хлопчатника, сои, зерновых, табака, арахиса и плодовых ежегодно применяют более 90 % используемых в сельском хозяйстве США инсектицидов. Непрерывное выращивание пропашных культур в монокультуре на той же площади часто полностью зависит от проведения мероприятий по борьбе с вредителями. Например, борьба с листоедом с помощью химических средств является совершенно необходимым мероприятием для непрерывного производства зерна кукурузы в большинстве районов кукурузного пояса. Серстон указывает, что без применения инсектицидов урожаи картофеля значительно снизились бы, а в некоторых районах США производство картофеля стало бы вообще нерентабельным.
Для систем выращивания пропашных культур физиологическая основа химических методов борьбы с вредителями и стратегия управления экосистемой связаны в пределах иерархии процесса. Химические средства относительно дешевы и эффективны против трофической связи потребитель — производитель. В связи с тем, что целью большинства систем возделывания пропашных культур является получение максимальных урожаев какой-то одной культуры на относительно больших площадях, защита растений, основанная целиком на применении химических средств, не предполагает попытки включить схему в мероприятия по борьбе с вредителями.
Другим средством управления процессом возделывания пропашных культур является создание сортов, устойчивых к потребителям-вредителям. Селекция растений на устойчивость к вредителям изменяет генетический состав сельскохозяйственных культур и увеличивает степень физиологической устойчивости к насекомым-вредителям и патогенным микроорганизмам. Примерами использования устойчивости растений для контроля за вредителями-потребителями могут служить взаимодействие между пшеницей и гессенской мухой, контроль за стеблевой и корончатой ржавчиной у овса и создание сортов картофеля, устойчивых к воздействию многих насекомых и патогенов.
Наряду с тем, что применение пестицидов и создание растений, устойчивых к насекомым и болезням, действуют внутри иерархии процесса, широкое географическое распространение систем возделывания пропашных культур требует введения схемы в осуществление мероприятий по борьбе с вредителями этих культур. Пиментел считает, что возникновение многих проблем, связанных с распространением вредителей пропашных культур, можно контролировать с помощью методов управления, которые приводят к уменьшению гетерогенности окружающей среды. Статическая и гомогенная схема ландшафта, которая возникает в этих системах, вступает в конфликт со многими альтернативными методами борьбы с насекомыми-потребителями. Введение постоянной основы ресурсов производства может способствовать вспышкам вредителей при односторонней стратегии потребления. Использование всего генетического и видового разнообразия растений, пространственная гетерогенность физических переменных и временное изменение схемы возделывания сельскохозяйственных культур могут представить разнообразные альтернативы стратегий ориентированного процесса по борьбе с вредителями. Так, перед второй мировой войной, когда отсутствовали современные средства защиты растений и достижения селекции растений не были столь значительны, как в наши дни, среди стратегий по борьбе с вредителями доминировали такие методы, как выращивание сельскохозяйственных культур в севообороте с другими культурами, а также выборочное выжигание посевов.
В современных методах защиты пропашных и плодовых культур все большее внимание уделяется интегрированной борьбе с вредителями. В стратегиях управления интегрированной защитой растений безоговорочно признается взаимосвязь между иерархией схемы и процесса. Проблемы осуществления контроля за вредителями-потребителями находятся в этой иерархии на различных уровнях. Например, химическая борьба с вредителями пересекает физиологический и популяционный уровни этой иерархии, а проблемы защиты растений, которые являются функциями выращивания сельскохозяйственных культур в монокультуре, возникают на уровнях сообщества, ландшафта и экосистемы. Таким образом, химическое «фиксирование» не решает полностью проблему борьбы с вредителями, происхождение которых относится к ландшафтному уровню организации. Наряду с этим признание связей между иерархическими уровнями способствует использованию стратегий интегрированной защиты растений. Поэтому борьба с вредителями кукурузы может быть наилучшим образом обеспечена за счет комбинации трех факторов: устойчивости к вредителям растений, применения инсектицидов и возделывания в севооборотах с другими культурами.