Вред от поражения головней обычно учитывается по проценту пораженных колосьев (или метелок). Однако фактически вред от нее бывает значительно больше, так как наряду с явными потерями от головни происходят скрытые потери урожая. Они обусловливаются тем, что мицелий гриба не во всех случаях доходит до колоса, разрушения семян или колоса при этом не происходит. Такое растение, будучи внешне здоровым, однако угнетено, отстает в росте, снижает урожай семян или совсем не плодоносит, иногда погибает.
Для определения истинных потерь пшеницы от твердой головни Всесоюзный институт защиты растений (К. Я. Калашников) разработал специальную таблицу. Подсчет недобора урожая зерна производится по средневзвешенному проценту поражения колосьев и фактически собранному урожаю. При слабом поражении посевов (до 1 % пораженных растений) скрытые потери превышают явные потери в десятки раз. Чем выше процент зараженных колосьев, тем меньше скрытых потерь от головни. При поражении яровой пшеницы твердой головней на 30% и озимой на 50% скрытых потерь не происходит.