Наиболее специфичный для рода Allium орган — луковица. Этот своеобразный, видоизмененный побег образован в основном сочными чешуями, ради которых главным образом и привлечен в культуру ряд видов обширного рода луков.
Чешуи имеют листовое происхождение, о чем свидетельствуют как их морфологический характер, так и особенности внутренней структуры, что показано ниже.
Чешуи рассмотренных видов относятся к туникатному, или концентрическому, типу: каждая чешуя срастается краями и тем самым полностью охватывает предыдущую чешую. Таким образом, чешуи луковицы как бы вложены одна в другую.
Морфологическая природа (происхождение) сочных чешуй у луков может быть различной: в одной и той же луковице могут формироваться открытые и закрытые чешуи. Чешуи открытые представляют собой по структурной сущности в различной степени утолщенные, а следовательно, и анатомически несколько видоизмененные влагалища ассимилирующих зеленых листьев. Закрытые же чешуи — это еще более резко гипертрофированные (с разросшимся утолщенным мезофиллом) и явно видоизмененные по анатомическим признакам, укороченные листья, вовсе не имеющие ассимиляционных тканей. Оба типа сочных чешуй выполняют питательную и отчасти защитную функции: на верхушке донца, а также в пазухах чешуй расположены вегетативные и генеративные почки. В клетках сочных чешуй, как правило, не содержится хлоропластов, которые иногда встречаются лишь во внешних слоях тканей наружной сочной чешуи.
Толщина сочных чешуй варьирует по видам, подвидам, сортам: у отдельно взятых растений она зависит от типа чешуй (открытые или закрытые), а в пределах одной луковицы — от местоположения каждой чешуи. У рассмотренных нами видов наибольшая толщина закрытых чешуй отмечена у луков с одной сочной чешуей в луковице или в дочерних луковичках (типа чешуи A. sativum) — до 1—2 см, иногда более. В луковицах с многочисленными чешуями толщина каждой чешуи меньше, при этом толщина закрытых чешуй в нашем опыте не превышает 10 мм, открытых — 5 мм.
Мезофилл сочных чешуй культурных видов (как 1—2-летних, так и многолетних), как правило, недифференцирован, что можно объяснить потерей чешуями в процессе эволюции и селекции фотосинтетической функции листа. Лишь один лук душистый еще сохранил слабую дифференциацию: в некоторых местах поперечных срезов чешуй нижняя часть мезофилла (до половины всей его толщины) состоит из клеток, вытянутых в тангентальном направлении. Наиболее типичной структурой сочных чешуй среди возделываемых видов характеризуются луки репчатый и многоярусный. В сочных чешуях их луковиц лишь клетки двух нижних рядов мезофилла вытянуты также тангентально; большая же часть ткани недифференцированного или слабодифференцированного мезофилла состоит из крупных тонкостенных паренхимных клеток изодиаметрической формы, близкой к округлой. Межклетники крупные.
Встречаются и отклонения от типичной структуры мезофилла. Так, у лука-слизуна клетки сочных чешуй довольно мелкие при крупных межклетниках, и, кроме того, у этого вида и лука душистого по всей толщине мезофилла крупные клетки перемежаются с мелкими. У шнитт-лука клетки мезофилла сочных чешуй (как и зеленого листа) мельче, чем у остальных изученных видов, при этом отмечено разнообразие клеток мезофилла не только по величине, но и по форме — от изодиаметрических до тангентально вытянутых. У лука репчатого размеры клеток увеличиваются, а их стенки утончаются от нижней эпидермы к верхней. Наиболее крупные межклетники найдены у лука многоярусного, батуна и порея, причем у первого вида размеры межклетников увеличиваются по направлению от нижней эпидермы к верхней, где образуются большие полости.