Работа с домашними животными при создании новых пород и породных групп сопровождается глубокими изменениями наследственной структуры субпопуляции.
Следствием этого могут быть различные нежелательные явления: низкая общая и специфическая резистентность, изменения в пищевом и половом поведении, понижение общей активности животного. Реинтродукция таких животных сопровождается гибелью отдельных особей. Поэтому при генетическо-селекционной работе с домашними животными параллельно следует сохранять генетический потенциал вида в неизменном состоянии. Природный генетический пул гарантирует перспективы селекционной работы с породными животными, а также оставляет потенциальную возможность на будущее для реинтродукции животных. Это необходимо учитывать и при вынужденном искусственном воспроизводстве редких и исчезающих видов животных. Однако в малочисленных популяциях одновременная консервация естественного генетического пула и обеспечение генетического разнообразия представляется сложной, но вынужденной задачей. В изолированной популяции высока вероятность возникновения инбридинга и генетического дрейфа. Перед учеными и практиками встает дилемма: усилить доместификацию с неизбежным изменением наследственности или миниминизировать доместификацию с целью консервации природного генетического пула.
Стабильность генетического пула не прямолинейно, но все же зависит от такого фактора, как размер тела животного. Мелкие виды животных имеют более короткую в терминах календарного возраста жизнь и короткий репродуктивный период. Следовательно, за единицу времени они более подвержены генетическим модификациям в искусственных условиях разведения. Животные с большими размерами тела требуют большего времени для воспроизводства. Следовательно, во временном аспекте они более устойчивы к расшатыванию генетической основы.
Для того чтобы понизить вероятность нежелательных генетических модификаций вследствие доместификации, предлагается несколько приемов стабилизации генетической основы разводимых животных (О. Price, 2002):
- постоянно приливать кровь из природных (диких)популяций;
- пролонгировать межгенеративные интервалы;
- понижать смертность животных в пределах приручаемой популяции;
- миниминизировать генетический эффект «бутылочного горлышка»;
- предупреждать наследуемость нежелательных признаков путем манипулирования численностью поголовья различных линий и семейств.
В больших семействах возрастает вероятность появления у животных нежелательных признаков. Но здесь имеются большие возможности для отбора животных. В малых популяциях очень большое значение имеет подбор родительских пар, поскольку весьма вероятен генетический дрейф на основе инбридинга. Однако в отсутствие близкого родства родителей у малоплодных животных (птицы и млекопитающие) вероятность возникновения генетических модификаций ниже, чем у многоплодных животных (рыбы и земноводные).
В условиях неволи как следствие стремления сохранить (законсервировать) генетический пул развивается угроза генетических модификаций. Это явление описано в популяциях атлантического лосося и встретилось при воспроизводстве красного морского леща.