В почве всегда имеются питательные вещества, подходящая влажность и реакция среды, достаточное количество кислорода и почва защищена от губительного влияния прямых солнечных лучей.
Поэтому в почве имеются все условия для нормального развития грибов, бактерий, актиномицетов и других микроорганизмов, среди которых могут находиться различные возбудители болезней растений. По биологическим особенностям эти организмы относятся к сапрофитам или факультативным паразитам, которые в сапрофитном состоянии сохраняются в почве, продолжая свое развитие.
В почве перезимовывают и сохраняются склероции возбудителя белой гнили моркови и подсолнечника — Sclerotinia libertiana Fuck., возбудителя серой гнили свеклы — Botrytis cinerea Pers., спорыньи ржи и ячменя — Claviceps purpurea Tul., а также семена заразихи и повилики.
На остатках пораженных растений в почве сохраняется возбудитель черной парши картофеля — Rhizoctonia solani Kuhn.; возбудитель корневой гнили пшеницы — Fusarium culmorum Sacc. — на стерне злаков. В почве сохраняется возбудитель увядания хлопчатника — Fusarium vasinfectum Atk., увядания льна — Fusarium lini Boll.
Способность некоторое время сохраняться в почве имеется и у возбудителей бактериозов растений. При этом здесь отмечают бактерии, не только сохраняющиеся в почве, но и размножающиеся в ней (возбудитель мокрой гнили клубней картофеля — Pseudomonas xanthochlora Stapp. и др.). Однако большинство фитопатогенных бактерий в почве очень быстро погибает.
Накопление в почве сапрофитно развивающихся возбудителей приводит к учащению заболеваний и к снижению урожайности на одних и тех же участках. Такое явление получило название утомления почвы. Оно бывает в тех случаях, когда одна и та же культура в течение многих лет возделывается на одном и том же поле. При бессменной культуре льна в почве накапливается возбудитель увядания — Fusarium lini Boll, и наступает льноутомление почвы. Если выращивать ряд лет картофель, накапливается возбудитель черной парши (Rhizoctonia solani Kuhn.) и наступает картофелеутомление почвы. Утомление почвы снимается соответствующим севооборотом, а в овощеводстве дезинфекцией почвы химическими веществами или паром.
На продолжительность сохранения инфекции в почве большое влияние оказывает жизнедеятельность прочих микроорганизмов и особенно велика роль антагонистов. Микробы-антагонисты при взаимодействии с другими микроорганизмами тормозят их развитие или совсем убивают продуктами своей жизнедеятельности — антибиотиками.
Под воздействием антагонистов и выделяемых ими антибиотических веществ, а также под влиянием бактериофагов и других биологических факторов бактерии и другие возбудители болезней растений, попадающих в почву с остатками больных растений, постепенно погибают, а почва очищается от инфекции.
Распад грибной инфекции в почве подробно изучен у многих возбудителей головни основных сельскохозяйственных культур профессором Страховым Т. Д. и его сотрудниками. Подавление жизнедеятельности и распад головневых грибов в естественных условиях полевой почвы происходит под воздействием сложного процесса, названного дегенерацией (Страхов, 1959), протекающей в определенной последовательности. Продолжительность распада инфекционных образований (базидий, базидиоспор, конидий, мицелия) у разных видов головневых грибов различна и колеблется от недели до месяца и более. В результате процесса дегенерации почва скоро самоочищается от головневых грибов и другой грибной инфекции, если она туда попадает.
Таким образом, почва является местом сохранения инфекционного начала некоторых грибных и бактериальных болезней, а также семян цветковых паразитов. Вместе с тем в последнее время экспериментально доказано, что возбудители многих инфекционных болезней растений не способны продолжительное время сохраняться в почве, так как в ней постепенно происходит процесс самоочищения под влиянием различных биологических факторов.