Аналогично пыльце семенных растений, споры мохообразных и высших споровых могут использоваться в процессе систематических работ.
Структура спор в этих группах различна, хотя в любой из этих групп она значительно менее разнообразна, чем пыльца семенных растений. Тем не менее, в систематике ряда групп папоротников морфология спор используется давно, она позволяет различать иногда виды, иногда — роды (и таксоны более высокого ранга). Признаками являются форма и размеры спор, наличие апертур (беэапертурные и апертурные, а также имеющие трехлучевую апертуру), а также скульптура поверхности. Во многих группах при исследовании с применением сканирующих электронных микроскопов появились возможности изучать и тонкую скульптуру поверхностей спор, которые при исследованиях с применением светового микроскопа казались однородными.
У многих высших споровых растений важные признаки имеет и морфология гаметофитов (у папоротников — они очень упрощены, но все же различаются на родовом уровне).