Эмбриология семенных растений — наука, изучающая эмбриональные структуры и процессы их развития от начальных стадий формирования спорогенных тканей родительских организмов (спорофитов) до формирования микро — и мегаспор, затем нового (собственно полового, гаплоидного) поколения — гаметофитов, а далее — гамет, зиготы и зародышей (и семян, т. е. зачатков новых спорофитных особей).
У высших споровых растений стадии развития гаметофитов значительно более сложны и продолжительны, но стадии развития до зачатков новых спорофитных особей — резко сокращены. Развитие подавляющего большинства эмбриональных структур, изучаемых эмбриологами, начинается с одной (очень редко — нескольких) клетки. Строго говоря, эмбриологические исследования в подлинном смысле этого слова проводятся только у семенных растений. И совершенно ясно, что все эмбриональные структуры, а тем более процессы их развития можно изучать лишь с использованием микроскопической техники, т. е. все эмбриологические признаки, которые могут быть использованы, систематики должны получать лишь из результатов специальных исследований эмбриологов растений. Эмбриология тесно связана с цитологией и биохимией растений, это — высокотеоретизированная наука, использующая и экологические, и эволюционные (исторические) методы обобщения информации. Развитие относительно простых эмбриональных структур генетически детерминировано, хотя общие закономерности и механизмы этой детерминации пока не ясны.
Эмбриологические признаки, выявленные с развитием сравнительной эмбриологии (главным образом цветковых растений), весьма многочисленны. Это и количественные, и качественные характеристики эмбриональных структур (микроморфологические, анатомические, маркерно-биохимические и т. д.). Но это и типы процессов развития эмбриональных структур (типы формирования стенки микроспорангия, типы тапетума и формы его реорганизации, типы формирования тетрад микроспор, типы семязачатков, нуцеллуса, археспория, мегаспорогенеза, зародышевого мешка, оплодотворения, слияния гамет, эмбриогенеза, эндоспермогенеза и др., у бесполосеменных — типы апомиксиса).
Видоспецифических эмбриологических признаков относительно немного, часто это размерно-количественные, гистологические или маркерно-биохимические характеристики. Значительно больше эмбриологических признаков, характеризующих таксоны более высокого ранга, особенно естественные семейства, нередко — порядки.
Обычно эмбриологические признаки считаются более консервативными, и отчасти это подтверждается тем, что отдельные признаки могут характеризовать именно таксоны крупного ранга. Но в совокупной эмбриологической характеристике многих таксонов крупного ранга хорошо выражена гетеробатмия. В то же время, число признаков, разделяющих два класса цветковых в их совокупной характеристике по эмбриологическим структурам и процессам, значительно меньше, чем число общих признаков. Среди этих признаков немало таких, которые характеризуют уровень организации (и в ряде случаев — конвергентные тенденции, например, наличие 2-х и 3-х-клеточных пыльцевых зерен, красси — и тенуинуцеллятных семезачатков и т. д.). В то же время, признаки, разделяющие двудольные и однодольные, отчасти являются собственно признаками родства (естественных таксонов).
Но применение эмбриологических признаков для выявления крупных филумов развития цветковых растений все же очень затруднено. С одной стороны, это связано с тем, что в столь простых структурах любое упрощение и даже незначительное, трудно выявляемое изменение может быть связано с резким изменением растения в целом (сменой типа жизненной формы, типов генеративных побегов и т. д.). А с другой стороны, филогенетическое значение большей части эмбриологических признаков (типов процессов в особенности) все же остается неясным как в силу того, что здесь практически невозможно ожидать какой-либо палеоботанической информации, так и потому, что совершенно отсутствует анализ корреляций эмбриологических признаков с изменениями в онтогенезе взрослых особей видов тех таксонов, где проявляются эмбриологические признаки, именно очерчивающие нам естественное родство таксонов ранга семейств или порядков.