Строение донца чеснока морфологически несколько отличается от строения донца других видов лука. На донце чеснока, помимо листьев и вегетативных почек, размещаются еще и зубки, представляющие собой дочерние луковички. Каждая дочерняя луковичка (зубок), естественно, имеет и свое донце (т. е. видоизмененную ветвь главного донца).
Поэтому строение донца луковицы чеснока представляется сложным: в нем имеется общая часть и разветвленный участок — сумма дочерних, или вторичных, донец, т. е. донец зубков. По мере созревания луковиц зубки отделяются от них вместе с дочерними донцами. Общая часть донца характеризуется спиральными (сдвоенная спираль) и лестничными сосудами, ветви (дочерние донца) — лестничными, в меньшем количестве встречаются сосуды с мелкими удлиненными порами, еще реже — кольчатые и спиральные.
Для чеснока в отличие от других 2-летних луков характерно наличие каменистых клеток, которые располагаются главным образом в виде мощных скоплений (обкладок) у основания зубков, а также отдельными конгломератами в толще донца или по его периферии, как у слизуна и лука душистого.