Строение вегетативных органов грибов довольно типично и однообразно.
За исключением небольшого числа наиболее примитивных видов, живущих как внутриклеточные паразиты зеленых растений, почти у всех остальных грибов вегетативное тело развито в виде мицелия или грибницы и представляет систему очень тонких ветвящихся нитей, или гиф, непрерывно нарастающих своими концами.
Мицелий у различных групп грибов имеет различное микроскопическое строение. У низших грибов гифы хотя и достигают нескольких сантиметров в длину, но не имеют поперечных перегородок, и весь мицелий оказывается одной сильно разветвленной клеткой с огромным числом ядер в ней. Такой мицелий называется одноклеточным, или нечленистым, а иногда его называют неклеточным в отличие от одноклеточных организмов. У всех высших грибов гифы мицелия имеют многочисленные перегородки. Такой мицелий называется многоклеточным, или членистым.
Клетки мицелия высших грибов бывают как одноядерные и двуядерные, так и многоядерные. Строго одноядерны клетки мицелия у всех мучнисто-росяных грибов (Erysiphaceae). Гораздо чаще среди других сумчатых грибов встречаются представители с многоядерными клетками. Больше определенности в числе ядер в клетках наблюдается у базидиальных грибов. Как правило, у этих грибов имеются одноядерные или двуядерные клетки, причем те и другие характерны для разных стадий одного и того же гриба.
Например, у ржавчинного гриба Phragmidium rubi—idaei Karst, мицелий, развивающийся из базидиоспоры и несущий на себе спермогонии и эпидиальное спороношение, является одноядерным, гаплоидным мицелием. Мицелий, появляющийся из эцидиоспоры и уредоспоры и продуцирующий уредо- и телейтоспороношения, будет двуядерным. В последнем случае два ядра различного происхождения (одно женское и другое мужское), находящиеся в одной клетке в сближенном положении, ведут себя как одно целое ядро, делясь одновременно и параллельно. Такое состояние ядер названо дикарионом, а соответственно мицелий, в каждой клетке которого имеются дикарионы, называется дикариотическим.
У многих грибов гифы бесцветные и мицелий в массе представляется белым пушистым образованием, иногда темнеющим при переходе к спороношению. У некоторых других грибов первоначально бесцветные гифы пигментируются преимущественно в бурые или темные тона. В клетках грибов нет никаких пластид, ни окрашенных, в том числе зеленых, в которых находится хлорофилл, ни бесцветных, поэтому грибы являются бесхлорофилльными организмами. Наблюдаемое в отдельных группах грибов окрашивание мицелия или плодовых тел в красный, голубой, зеленый или другие яркие тона связано с отложением в клеточных оболочках различных пигментов. В отдельных случаях, например у ржавчинных грибов, пигменты находятся и в содержимом клеток гиф в виде оранжевых капель масла. Окраска гиф и спороношений грибов на питательной среде, например для рода Fusarium, является диагностическим признаком, поэтому для описания пигментов используются стандартные питательные среды и специальные шкалы цветов, например шкала цветов А. С. Бондарцева (1954) и др.