На водохранилищах строят рыбопитомники (нерестово-выростные хозяйства) по типу прудовых рыбопитомников для выращивания молоди промысловых рыб, которую ежегодно выпускают в водохранилища.
Строительство рыбопитомников должно заканчиваться до заполнения водохранилища. Рыбопитомники могут иметь самотечное или механическое (насосные станции) водоснабжение. Мощность рыбопитомников рассчитывают в зависимости от площади водохранилища и потребности в рыбопосадочном материале. Объекты разведения определяют в зависимости от экологических условий водохранилища (см. перечень нерестово-выростных хозяйств).
На водохранилищах, пригодных для обитания омуля, сига, пеляди, чира, осетра, строят рыбоводные заводы для инкубации икры и выращивания молоди.