Сухое молоко получают распылительным и пленочным способами. Сушку пленочным способом производят на вальцах, температура высушенного молока достигает 100°С. Поэтому в молоке, высушенном пленочным способом, большая часть микроорганизмов погибает, остаются преимущественно споры бактерий. При распылительном способе сушки в зоне распыления создается температура 65—70 °С, поэтому молоко распылительной сушки содержит разнообразную микрофлору.
В процессе хранения в сухом молоке обычно наблюдается отмирание микрофлоры. Лишь при условии очень сильного увлажнения молока может происходить его плесневение. В сухом молоке после его хранения остаются в основном энерококки, споровые бактерии; могут также сохраняться (в случае попадания в процессе производства) коагулазоположительные стафилококки и сальмонеллы. Эти микроорганизмы представляют большую опасность, если нарушаются режимы восстановления сухого молока и создаются благоприятные условия для их развития (например, длительная выдержка при температуре около 40°С) и если в дальнейшем не проводится эффективная пастеризация молока.