Инкубационный период продолжается 1—6 дней. У заболевших животных появляются слабо выраженные симптомы ринита в виде незначительных серозных истечений и отфыркивания.
Почти одновременно появляется сухой кашель, который может быть частым, болезненным, длительными приступами в течение 1—2 минут или же отдельными кашлевыми толчками. Чувствительность глотки и гортани в это время повышена. У больных лошадей повышается температура тела. Температурная реакция регистрируется не у всех животных. И. Е. Аввакумов, описавший вспышку гриппа под названием «заразный катар верхних дыхательных путей», установил, что в сухую морозную погоду температура не повышалась у 23,3% лошадей. По наблюдениям И. Ф. Бобылева, при хорошем содержании лошадей лихорадка наблюдалась у 21,8% больных. Б 1970 г. в одном хозяйстве летом из 200 больных гриппом лошадей была повышенная температура у 34 животных.
Первые случаи гриппа в хозяйстве часто не диагностируют, а появление серозных истечений из носа и кашля объясняют раздражением слизистой оболочки верхних дыхательных путей пылью или другими факторами. Быстрое распространение болезни и выделение большого числа больных лошадей свидетельствуют об инфекционной природе болезни. Иногда регистрируются отдельные случаи внезапной гибели животных с признаками сердечной недостаточности.
При тяжелом течении болезни температура тела иногда повышается через 1—2 дня после появления признаков поражения верхних дыхательных путей и удерживается 5—10 ~ дней. Кашель бывает сухим, отрывистым, болезненным. Во время приступа кашля животное опускает голову, из носовых отверстий выделяются слизисто-гнойные истечения. При аускультации слышно усиленное везикулярное дыхание, которое может перейти в бронхиальное. Нарушается работа сердца, появляется аритмия, выпадение, раздвоение или расщепление тонов сердца. Изменение ритма и тонов сердца обнаруживают длительное время после выздоровления. Регистрируют лейкоцитоз, снижение гемоглобина на 35% и количества эритроцитов на 1—1,5 млн., РОЭ ускоренная.
Течение гриппа лошадей во многом зависит от условий содержания и эксплуатации животных. Тяжело грипп протекает у лошадей — продуцентов гипериммунных сывороток или при смешанной вирусной инфекции, например заболевание гриппом на фоне инфекционной анемии.
Зимой в 1970 г. автор наблюдал злокачественную форму гриппа. У больных лошадей в течение многих дней отмечали высокую температуру тела, воспаление слизистых оболочек глаз, носа, набухание конъюнктивы и век, серозно-слизистые истечения из носовых отверстий, поражение желудочно-кишечного тракта, поносы, отеки задних конечностей и брюшной стенки. Одни лошади погибали внезапно на 2—3-й день после повышения температуры, у других смерть наступала в результате развития плевропневмонии. Погибло 4,4% лошадей к общему поголовью. Диагноз в этом хозяйстве был подтвержден выделением вируса и исследованием сывороток от переболевших лошадей.