В строении блюдцевидного апотеция различают плоский диск, который может быть окружен валиком, образованным слоевищем лишайника (слоевищный край).
На продольном разрезе различимы слои, образующие эпитеций, теций, гипотеций, эксципул.
Теций (гимений) — средний слой апотеция, состоящий из сумок и бесплодных гиф — парафиз, служащих для защиты сумок со спорами. Вершины парафиз обычно несколько расширены, поэтому примыкают друг к другу, образуя эпитеций, выполняющий защитную функцию. Окраска диска связана с окраской эпитеция.
Гипотеций — слой из плотно переплетенных гиф, расположенных под гимением. Именно здесь образуются гаметангии, происходит половой процесс, в результате которого развиваются сумки.
Эксципул — слой плотно переплетенных гиф, окружает перечисленные составные части апотеция.
В зависимости от строения края различают следующие типы апотециев: леканоровый, лецидеевый, биаторовый.
Леканоровый тип. Диск окружен заметным валиком, сформированным слоевищным краем, содержащим водоросли и примыкающим к тонкому эксципулу. Слоевищный край окрашен идентично слоевищу.
Лецидеевый тип. У апотециев такого типа слоевищный край с водорослями отсутствует, поэтому наружным слоем оказывается эксципул, образующий валик вокруг диска. Такой край апотеция носит название собственного края. Апотеции этого типа обычно черного цвета, твердые.
Биаторовый тип. Апотеции по строению похожи на лецидеевый тип, но отличаются мягкой консистенцией, имеют светлую окраску. Собственный край также лишен водорослей, вокруг диска формируется эксципул.
Сумки чаще всего унитуникатные, разной формы и с определенным количеством спор (8…32).
Споры различаются у разных видов рядом признаков: окраской, размерами, поверхностью, количеством клеток. Споры прорастают гифами, которые образуют первичные талломы (прототалломы). В дальнейшем для развития лишайника необходим контакт с водорослью.
Фотобионт. Водоросли, входящие в состав лишайников, относятся к разным отделам и даже надцарствам. Это могут быть различные одноклеточные, колониальные, нитчатые сине-зеленые (цианобактерии), зеленые, желтозеленые и даже бурые водоросли. В составе лишайников они видоизменяются: нитчатые талломы распадаются на клетки, деформируются. Наиболее часто в качестве фотобионта содержится одноклеточная зеленая водоросль требуксия (Trebouxia), не встречающаяся в природе и имеющаяся лишь в слоевищах лишайников. Другие фотобионты могут быть типа зеленой водоросли хлореллы, типа цианобактерий — ностока, глеокапсы или являться представителями родов трентеполия, кладофора. Всего известно около 100 видов водорослей, входящих в состав почти 20 тыс. лишайников. Следовательно, в разных лишайниках может встречаться один и тот же вид водорослей. Обычно в состав лишайника входит один вид водорослей, иногда — один или два фотобионта. Например, зеленая водоросль (первичный фотобионт) и цианобактерия (вторичный фотобионт). С помощью цианобактерий лишайники способны усваивать атмосферный азот.
Видовой состав водорослей зависит от климатических условий. Так, в умеренных широтах 83% фотобионтов являются в основном хлорококковыми (зелеными) водорослями. В тропиках чаще распространена трентеполия (около 48%). Главная их черта — неприхотливость, так как водоросли окружены гифами грибов и получают свет в небольших количествах. В контакте с грибом у водорослей изменяется не только морфологическая структура, но и физиологические свойства. У фотобионтов практически отсутствуют запасные вещества (крахмал, липиды и др.). При выделении водорослей в культуру восстанавливаются структура и обмен веществ, но все же они отличаются медленным ростом, устойчивостью к высоким температурам и высыханию.
Размножение водорослей осуществляется апланоспорами или делением таллома. Подвижных спор (зооспор, гамет) нет.