Вернувшись на родину, Линней пробыл несколько дней у отца в Стенброхульте, а потом отправился в Фалун, где его ждала невеста.
Исполнив все формальности, связанные с обручением, он уехал в Стокгольм, где намеревался заняться врачебной практикой. Как врач он был здесь никому не известен, а его высокое положение в ученом мире никого не интересовало. Для Линнея начались вновь материальные трудности, которые были тем более чувствительны, что в Голландии он был несколько избалован успехом и материальным благополучием. У него даже возникала мысль о возвращении к Клиффорту в Гартекамп.
Скоро, однако, положение изменилось, и он нашел признание как врач.
Еще в Голландии Линней познакомился с трактатом французского медика Соважа (Sauvages de la Croix), профессора Медицинской школы в Монпелье, на тему, которая его самого занимала как классификатора — «Классы болезней». Из-за этого сочинения, очень высоко оцененного Линнеем, он вступил в переписку с автором, знаменитым врачом, занимавшимся к тому же ботаникой.
Из Стокгольма Линней писал Соважу: «Злокачественная гоноррея заразила многих молодых людей в нашей стране… Я слышал, что Вы в Монпелье приобрели очень большой опыт в лечении этой болезни. По дружбе, которую Вы имеете ко мне, я прошу Вас научить меня, как это лечится. Мне не нужна общая теория, но рецепты и метод лечения. Если вы сделаете это, вы мне сделаете подарок в тысячу дукатов в год».
Портрет Линнея в возрасте 33 лет. По репродукции с гравюры Эренсверда. 1740
Несколько случаев удачного лечения открыли Линнею широкую врачебную практику. Его практика, однако, отнюдь не была очень специальной. Линней успешно лечил и как терапевт. Скоро он стал известным в Стокгольме врачом и писал о себе университетскому товарищу, что он занят со своими пациентами с семи часов утра до восьми часов вечера, причем едва находит время наскоро пообедать. Вскоре Линнею начал покровительствовать граф Тессин, влиятельный вельможа. Сейм, по протекции покровителя, отпустил Линнею сто дукатов годового содержания за чтение лекций по пробирному делу и минералогии, причем Линней вызвался читать дополнительно летом и ботанику. Тессин предложил Линнею поселиться в его доме и скоро оказал содействие ему в получении должности адмиралтейского врача с большим содержанием. Материальное положение Линнея упрочилось, а покровительство Тессина доставило ему знакомства среди людей, занимавших в столице высокое положение и в то же время интересовавшихся науками. Небольшая группа этих лиц, их было всего шестеро, основала в 1738 г. в Стокгольме научное общество, через два года превращенное в Королевскую Академию наук. Первым президентом общества был избран Карл Линней.
Работа в адмиралтейском госпитале, в котором содержалось до двухсот больных, открывала перед Линнеем большие возможности для клинической работы. Специальное внимание он уделял изучению действия лекарственных препаратов. Большое значение для прогресса лечебного дела имела организация Линнеем в госпитале систематического анатомирования трупов, что было в то время чрезвычайным достижением, так как для каждого отдельного вскрытия ранее требовалось правительственное разрешение.
Вскоре Линней стал в Стокгольме самым модным врачом, причем практиковал он и в придворных кругах, а зарабатывал, как он говорил, не менее, чем все столичные врачи, вместе взятые.
Летом 1739 г. Линней наконец женился, а в январе 1740 г. у него родился сын.
Об этом периоде жизни Линней подробно писал бывшему геттингенскому профессору Галлеру. Галлер, швейцарец по происхождению, оставил университет в Геттингене и, возвращаясь на родину, обратился в конце лета 1738 г. к Линнею с предложением занять его кафедру.
Письмо это, по случайным обстоятельствам, было получено Линнеем только через восемь месяцев, когда его материальное положение улучшилось, а получи он его раньше, возможно, что предложение геттингенской кафедры им было бы принято. В ответном письме Галлеру Линней писал: «Я основался в Стокгольме. Все потешались над моей ботаникой. Сколько бессонных ночей и трудовых часов я употребил на нее — об этом никто не говорил; но как надо мной посмеялся Сигезбек — это всех занимало. Я начал практиковать, но с очень медленным успехом; никто не хотел лечить у меня даже своих лакеев. Но вскоре мои неудачи прекратились; долго прятавшееся за тучи солнце выглянуло. Я пошел в гору, меня стали звать к сильным мира сего; все шло хорошо; уж ни один больной не мог обойтись без меня; с четырех часов утра до позднего вечера я посещал больных, проводил у них ночи и зарабатывал деньги. Ну! сказал я, эскулап приносит все хорошее, а флора — только Сигезбеков. Я оставил ботанику, тысячу раз принимал решение уничтожить все мои собрания раз навсегда. Вскоре затем я получил место старшего врача на флоте, а государственные сословия (т. е. сейм) назначили мне содержание по сто дукатов в год, с тем чтобы я преподавал ботанику в Стокгольме. Тогда я снова полюбил растения и женился на моей пять лет ожидавшей невесте».
Президентство Линнея в новом ученом обществе продолжалось, согласно уставу, три месяца; оставляя его, он произнес речь на тему «Чудеса в мире насекомых», встреченную с большим интересом. Эта речь через друзей Линнея достигла Парижа и там, по просьбе братьев Жюсье, была переведена на латинский язык.
Следует сказать, что и чтения его по минералогии и пробирному делу, а особенно по ботанике, пользовались очень большим успехом. В письме к Тессину Линней сообщал, что число слушателей превышает триста человек и что он удивляется тому, что так много его сограждан интересуется минералогией.
Весной 1740 г. в возрасте восьмидесяти лет умер в Упсале профессор Рудбек. Линней просил графа Тессина помочь ему своим влиянием в предоставлении освободившейся кафедры. Из этих хлопот ничего не вышло, так как у старого соперника Линнея, доктора Розена, было право старшинства. Розен, читавший курсы по практической медицине, был назначен на место ботаника Рудбека. Только в следующем, 1741 г., в связи с уходом по возрасту профессора Роберга, его кафедра была предоставлена Линнею. Таким образом, на ботанической кафедре оказался медик, а на медицинской — ботаник.
Вернуться в родной университет было давней мечтой Линнея, и она теперь осуществлялась. В письме к Соважу Линней писал: «По милости Бога я теперь свободен от неприятной и тяжелой работы практикующего врача в Стокгольме. Я занял теперь положение, которого давно желал. Король избрал меня в качестве профессора Медицины и Ботаники в Упсальском университете, и тем самым мне можно вернуться к ботанике, от которой я был удален на три года, проведенные мною среди больных в Стокгольме. Если я буду жив и мне позволит здоровье, я надеюсь, что вы увидите, что я кое-что сделаю в ботанике».
Общественные и правительственные круги Швеции в это время были озабочены благосостоянием страны, разоренной недавними войнами. В связи с этим в сейме было принято решение о желательности изучения природных ресурсов страны по примеру того, как это было сделано во время Лапландского путешествия Линнея и его работ в провинции Даларна.
Линнею была поручена организация исследовательской поездки в юго-восточную часть страны, в частности на Готланд и Оланд, причем исследования должны были касаться всех трех царств природы. На первом месте по значению, по-видимому, были поиски глин, пригодных для производства фарфора и для других технических надобностей, а также поиски красок. Линней, со своей стороны, писал сейму, что в крупных европейских столицах существуют медицинские сады, в которых ведутся публичные лекции и демонстрации лечебных ц других растений, что в этом есть нужда для лечебного дела и для учебной практики врачей и аптекарей, что нужны также и университетские сады по примеру заграничных университетов.
В мае 1741 г. Линней в сопровождении шести молодых людей, тщательно отобранных им из многих желающих принять участие в поездке, отправился в путь. Каждому из этих молодых людей была поручена своя область исследования, а поездку они осуществляли за свой счет.
Подробный отчет о поездке был напечатан на шведском языке под названием «Готландское путешествие (с наблюдениями по хозяйству, естественной истории, древностям и пр.)». Следует сказать, что текст книги полон художественных отступлений и разного рода поэтических украшений, так как предназначался для сравнительно широкого круга людей. И он вполне достиг цели, так как книга была очень популярной и даже, более того, отдельные части ее рассматривались потом в Швеции в качестве классического образца литературы XVIII в. Говоря о результатах путешествия, Линней указывает, что было сделано очень много наблюдений относительно известняков, песчаников и пород, годных на жернова, относительно сыпучих песков, сталактитов и т. д. «По ботанике были сделаны во многих местах наблюдения, которые останутся небесполезными для нашего отечества». В зоологии было описано, как ловят тюленей, как сражаются олени, как ныряют гаги и как их ловят силками, как ловят треску, как много есть различных насекомых, польза которых еще не известна. Были описаны реки и озера, минеральные и пресные источники, горные пещеры и пр. В пути собирались сведения о способах домашнего лечения и обо всем том, что было бы интересно или полезно знать читателям. Таким образом, мы видим, что, кроме специальных целей, путешествие имело и общекраеведческие, как мы теперь говорим, задачи.
Ботанические интересы Линнея были и здесь главнейшими. Он отмечает, что собрал в поездке сто видов растений, ранее не известных в Швеции. Его чрезвычайно удивило то, что на о. Оланд он наблюдал дикорастущие орхидеи, которые ранее видел в Фонтенбло в окрестностях Парижа: «Если бы кто-нибудь сказал мне, что они растут на Оланде, я не поверил бы этому; теперь я верю».
Возвращаясь из путешествия в столицу, Линней посетил Стенброхульт и Векшьё, где он провел большую часть юности.