Достаточно хорошо исследована роль бактерий в круговороте азота. Один из этапов этого круговорота азотфиксация — биохимический процесс, свойственный только прокариотам.
Свободный молекулярный азот образуется путем денитрификации, осуществляемой также прокариотами, но лишь небольшой группой микроорганизмов, способных использовать нитрат вместо кислорода в анаэробных условиях (неспороносные палочки, бациллы, метилотрофные почкующиеся бактерии). Поскольку в атмосфере содержится большое количество молекулярного азота, а процессы денитрификации и азотфиксация предположительно уравновешены, то существенных изменений в балансе этого элемента не происходит.
Бактериальная денитрификация — единственный источник образования закиси азота (N2O). Это соединение не растворяется и, попадая в атмосферу, не вымывается дождями. Небольшое количество N2O обусловлено ограниченностью действия денитрификаторов в анаэробных условиях.
Атмосферный аммиак поступает из почвы, в которой он образуется при разложении биомассы микроорганизмами. Большие прибавки аммиака дает разложение уробактериями мочевины, содержащейся в почве в больших количествах.
Таким образом, деятельность бактерий в образовании газообразных соединений азота весьма значительна; в атмосферу из почвы ежегодно поступает NO — 501 млн. т, N2O — 1000 000 и NH3 — 1160 млн. т (Попов, 1973).
Концентрация содержащихся в атмосфере соединений серы (аэрозоль сульфатов, SO2, H2S) сравнительно мала, так как они довольно быстро вымываются осадками и поступают на земную поверхность. Наличие в атмосфере SO2 — следствие в основном техногенной деятельности (сжигания угля, нефти, плавки сернистых руд), частично из вулканов, но не биологическим путем. Восстановленные газообразные соединения серы, например H2S, обязаны своим происхождением главным образом микроорганизмам. Около 90% сероводорода на земной поверхности производится сульфатвосстанавливающими бактериями. Однако не весь сероводород, продуцируемый этой группой микроорганизмов, поступает в атмосферу, поскольку значительная часть его окисляется в сульфаты литотрофными бактериями, фотосинтезирующими и бесцветными. Все они представляют собой бактериальные фильтры. Наиболее интенсивно процесс сульфатредукции протекает в таких экосистемах, как мангры и другие тропические биомы, пограничные между океаном и сушей, а также в донных отложениях морей. В зонах активной сульфатредукции отмечается максимальное поступление H2S в атмосферу.