Использование биологических ресурсов рифов может быть очень разнообразно, но при этом должно вестись на тщательно разработанной научной основе.
Наряду с эксплуатацией ресурсов должны быть приняты меры по их расширенному воспроизводству. Важную информацию для этого дают комплексные ландшафтные исследования. Например, численность черепах — традиционного объекта промысла на рифах, постоянно снижается. Вместе с тем кормовая база этих животных чрезвычайно обширна — поля морских трав, как правило, занимают на рифах значительные площади. Таким образом, снижение численности, видимо, связано с уменьшением пространств, которые черепахи используют для размножения, из-за вмешательства человека. Именно в этом звене должны быть применены усилия для сдвига ситуации в благоприятную сторону. Выделение на основе ландшафтных карт охраняемых территорий и акваторий, где проходят важнейшие этапы жизненного цикла, могут стабилизировать и исправить ситуацию. Аналогичные подходы должны разрабатываться для допустимых квот изъятия при добыче моллюсков и кораллов.
Структурно-функциональная модель рифа может рассматриваться как инструмент управления его ресурсами. В настоящее время Сейшельская Республика активно создает и развивает рыболовную и рыбоперерабатывающую промышленность. Однако будущее в этой отрасли несомненно принадлежит рыборазведению и марикультуре. Хотя на огромной акватории республики запасы рыбы достаточно велики, уже сейчас должны вестись экспериментальные работы в указанном направлении с тем, чтобы обеспечить будущее. В связи с этим существенное значение для оценки возможных масштабов эксплуатации рифов имеет оценка степени сбалансированности и определение чистой продукции сообществ рифа, поскольку любое изъятие вторичной продукции без разрушения системы возможно лишь за счет ресурсов чистой продукции фотосинтеза. Выделение автотрофных и гетеротрофных блоков фуикционирования системы дает ключи к се управлению, поскольку уровень первичной и вторичной продукции бентоса может регулироваться искусственно. Наиболее эффективным инструментом для этого является комбинация средств, увеличивающих твердые поверхности, сооружение искусственных рифов и дозированное применение удобрений.