Если условия благоприятны, то всходы обычно появляются через 5-6 дней после посева.
Иногда после дождей образуется корка, которая задерживает появление всходов. Для ее разрушения следует использовать легкие посевные, ротационные или сетчатые бороны, а также кольчато-шпоровые катки. Большое внимание должно уделяться борьбе с сорняками, так как они снижают урожайность и качество. На посевах льна могут быть распространены яровые (редька дикая, марь белая, пикульник, горец вьюнковый, плевел льняной, торица льняная, подмаренник цепкий и др.), зимующие (василек синий, ромашка непахучая, ярутка полевая и др.) и многолетние сорняки (пырей ползучий, осот розовый, осот желтый и др.).
Основными мерами борьбы считаются агротехнические (хорошие предшественники, полупаровая обработка почвы, хорошо очищенные семена и др.). Если же этими способами от них не удается полностью избавиться, то могут также применяться разрешенные гербициды. При этом посевы обычно обрабатываются в фазе «елочки», когда высота растений составляет от 5 до 15 см, и листочки еще покрыты восковым налетом, что помогает легко с них скатываться крупным каплям препарата. Химическая борьба с сорняками может совмещаться с некорневой подкормкой азотными и микроудобрениями. Для внесения гербицидов можно использовать штанговые опрыскиватели (ОПШ-15, ПОМ-630 и др.). Большую опасность для посевов представляют также вредители (льняная блошка, льняной трипе, льняная плодожорка, совка-гамма и др.) и болезни (ржавчина, фузариоз, полиспороз, бактериоз, антракноз и др.), которые снижают урожай и его качество. Для борьбы с ними рекомендуется высевать устойчивые сорта, протравливать семена и строго соблюдать все агротехнические требования (чередование культур, ранний посев, уничтожение остатков льна на поле и др.), а также применять разрешенные химические препараты во время вегетации.