Кроме обычной нитчатой или гифальной формы, мицелий у многих грибов в цикле их развития или под влиянием неблагоприятных условий претерпевает различные видоизменения, связанные с уплотнением и срастанием переплетающихся гиф.
Из видоизменений мицелия следует отметить: мицелиальные пленки, тяжи, ризоморфы и склероции.
Мицелиальные пленки представляют собой различной плотности и окраски скопления гиф гриба, напоминающие замшу. Они обычно имеются у дереворазрушающих грибов и возникают внутри загнивающего дерева, в его трещинах или на поверхности. Например, на ветровальном дубе в Теллермановском лесничестве, пораженном дубовой губкой Daedalea quercina Fr., были обнаружены желтовато-серые пленки в трещинах толщиной около 3 мм.
Мицелиальные тяжи, или шнуры, в отличие от пленок имеют шнуровидную форму и состоят из параллельно расположенных и часто сросшихся в продольном направлении гиф. В одних случаях они более примитивного строения — гифы однородные и одинаково окрашены. В других случаях гифы дифференцированы на наружные — тонкие и темно- окрашенные, образующие кору, и внутренние — с большим просветом и светлые, соответствующие сердцевине. Мицелиальные тяжи образуют многие грибы, но особенно сложно устроены они у настоящего домового гриба (Serpula lacrymans Karst.).
Ризоморфы — толстые ветвящиеся шнуровидные образования сложного анатомического строения, внешне сходные с корнями высших растений. Они состоят из двух частей: наружной коры, построенной из толстых гиф, сросшихся своими стенками и окрашенных в темно-коричневый цвет, и внутренней сердцевины, состоящей из бесцветных гиф с тонкими стенками. Такое сложное строение способствует вегетативному распространению от дерева к дереву, передвижению питательных веществ, а толстая и темная кора служит для сохранения гриба при неблагоприятных условиях. Ризоморфы имеются у разных грибов с крупными плодовыми телами различного строения: агариковых, афиллофоровых, некоторых пецицовых и др. Особенно типичны ризоморфы у опенка (Armillaria mellea Quel.), служащие не только для распространения, но и имеющие важное систематическое значение.
Усложнением мицелия является образование склероциев. Склероций — это темное тело плотной консистенции, состоящее из тесного сплетения гиф, с малым содержанием воды (5—10%) и с большим запасом питательных веществ (жира до 30%). Форма склероциев разнообразна: округлые, в виде рожков, неправильной формы; размер их колеблется от десятых долей миллиметра до 30 см в диаметре, вес достигает 20 кг (тропический трутовик Polyporus sapurema Moll.).
Анатомическое строение склероциев довольно однообразно. Они представляют собой ложную ткань, или плектенхиму, состоящую из сплетения грибных гиф, делящихся только в одном направлении. Снаружи склероций покрыт корой, состоящей из одного или чаще нескольких слоев клеток с темными стенками, плотно соединенными друг с другом. Внутри находится белая сердцевина, имеющая характер или параплектенхимы, состоящей из изодиаметрических клеток, как в рожках спорыньи, или прозоплектенхимы, состоящей из удлиненных клеток, как в склероции Sclerotinia Libertiana Fuck.
Степень дифференциации склероциев различна. Склероций может быть дифференцированным, если он образован гифами гриба и легко отделим от ткани растения, на котором развивается гриб. Такие склероции имеются у гриба Sclerotinia Libertiana, вызывающего гниль желудей дуба, и у некоторых других. Недифференцированный склероций построен из видоизмененной, пронизанной гифами гриба ткани питающего растения. Такое видоизменение называется мумификацией плодов или других органов. Примером может служить возбудитель плодовой гнили Stromatinia fructigena Aderh. У этого гриба форма склероция повторяет форму плода яблока, вся мякоть которого пронизана его гифами. Важное значение для практики лесного хозяйства имеет гриб Stromatinia pseudotuberosa Rehm., вызывающий мумификацию плодов древесных пород — желудей дуба, плодов каштана. Склероции служат стадией покоя или приспособлением для длительного сохранения и перезимовки гриба. После зимовки они прорастают и развивают сумчатые, базидиальные или конидиальные спороношения. У некоторых грибов склероции являются необходимым звеном в их цикле развития (например, возбудитель гнили желудей Sclerotinia libertiana, возбудитель мумификации семян ольхи Stromatinia alni Maubl., возбудитель мумификации семян березы Stromatinia betulae Woron.).