Несмотря на то что между морфологическими различиями и репродуктивной изоляцией существует взаимосвязь, имеется множество случаев, когда репродуктивно изолированные симпатрические популяции, т. е. самостоятельные виды, морфологически почти неразличимы.
Такие популяции были известны давно. Их называли «биологическими расами» или, в случае паразитов, «расами по хозяину». Между тем большая часть таких «биологических рас» в действительности являются хорошими видами. Для таких видов Майр в 1942 г. предложил термин «виды-двойники», обозначив их как морфологически сходные или идентичные, репродуктивно изолированные природные популяции.
Видов-двойников очень много среди насекомых, моллюсков, ракообразных и простейших. Меньше их среди позвоночных, хотя виды-двойники открыты у землероек и грызунов, рыб и лягушек. Классический случай — комплекс малярийных комаров в Европе. Считалось, что возбудителя малярии переносит единственный вид комара — Anopheles maculipennis. Но изучение распространения комаров показало, что они обычны и в тех районах Европы, где малярии нет. Кроме того, были установлены различия в питании комаров: в одних районах они питаются на домашних животных, в других же — на человеке. В одних случаях личинки комаров развиваются только в пресной воде, в других — в солоноватой.
Все эти наблюдения привели к тому, что исследователи стали обращать внимание на мелкие и, как полагали раньше, малозначительные отличия в строении не только взрослых стадий, но и личинок и даже яиц комаров. В частности, были обнаружены четкие различия яиц комаров, отличавшихся своей биологией. У одних из них яйца целиком черные, у других с черными полосками на светлом фоне, у третьих пестрые и т. д. В конце концов было установлено, что считавшийся единственным видом в Европе малярийный комар представляет собой комплекс из шести видов-двойников, из которых только два являются опасными переносчиками малярии, а настоящий Anopheles maculipennis таковым вообще не является. Подобные случаи нередки, и любое тщательно проведенное таксономическое исследование часто приводит к открытию ранее неизвестных видов-двойников.
Еще один пример, показывающий необходимость подобных исследований, дает изучение географических популяций опасного вредителя хлебных злаков — жука-листоеда Oulema melanopus (пьявица красногрудая). Этот широко распространенный в Европе и в умеренных широтах Азии вредитель считался до последнего времени единым видом, поскольку изучение внешней морфологии никаких различий не обнаруживает. И только исследование тонких деталей копулятивного аппарата самца, точнее его внутренних структур, показало, что под общепринятым названием в действительности находятся два вида, имеющие и биологические отличия в числе откладываемых яиц, времени активности взрослой стадии и т. д.
Работы систематиков последнего времени открыли множество видов-двойников среди муравьев, жуков-листоедов и короедов, сверчков, кобылок и других насекомых. В том числе этим и объясняется пересмотр и уточнение систематического положения многих видов, приводящих в одних случаях к упрощению систематики ряда групп, а в других — к увеличению числа описываемых видов.
Распознавание видов-двойников возможно при нахождении биометрических различий, в экспериментах по скрещиванию (у мух-дрозофил, инфузорий, даже лягушек), при установлении отличий в образе жизни (например, в строительстве гнезд), по характеру издаваемых звуков или по частоте и интенсивности световых вспышек (у жуков-светляков), или по предпочтению к определенному кормовому растению у фитофагов, или же по паразитированию в строго определенном хозяине у паразитических червей.
Несмотря на отсутствие заметных внешних отличий, виды-двойники являются хорошими видами, отделенными друг от друга четкими разрывами. Вероятно, в процессе видообразования перестройка генотипа не всегда сопровождается изменениями морфологии фенотипа, что и затрудняет различение двух видов. Отмечено, что виды-двойники чаще встречаются в определенных группах животных, в частности среди простейших и насекомых. Некоторые авторы считают, что они достаточно обычны тогда, когда виды, входящие в одно и то же сообщество, способны занимать разные ниши без заметной дифференциации по тем морфологическим признакам, на которых систематики основывают свою классификацию. Каждый случай симпатричности среди этих видов — это случай, когда таксономически полезные морфологические признаки не претерпели симпатрической дивергенции в дарвиновском смысле. Следует отметить, что виды-двойники у позвоночных животных встречаются значительно реже, чем у беспозвоночных. Тем не менее известны виды-двойники среди рыб, хвостатых амфибий (амбистом) и ящериц. Все они относятся к полиплоидам.