Различают несколько разновидностей ПЭМ лошадей: болезнь Борна, североамериканский вирусный энцефалит лошадей разных типов (восточный и западный вирусы, вирус Сан-Луи, калифорнийский вирус), заболевание типа X (США), венесуэльский и японский энцефалит лошадей.
Возбудители этих болезней обладают различными биологическими свойствами, что в. определенной мере отражается на симптоматике, тяжести течения болезни, путях передачи и резервуарах вируса в природе и особенно на иммунологических особенностях того или иного энцефалита.