Субстрат все время должен содержать достаточное количество влаги, обеспечивающее прорастание семян, но влажность его не должна быть чрезмерной. За исключением тех случаев, для которых рекомендуются высокие уровни влажности, субстрат не должен быть настолько влажным, чтобы вокруг семян возникала водяная пленка; если рекомендуется низкий уровень влажности, то для удаления избытка воды к поверхности мокрого субстрата следуем прижать сухой адсорбент, например сухую бумажную салфетку или промокательную бумагу.
Первоначальное количество воды, которое требуется добавить к субстрату, будет зависеть от его характера и величины. Последующее увлажнение (если оно нужно) должен проводить по своему усмотрению сотрудник, занимающийся испытанием, но по возможности следует избегать такого увлажнения, так как оно может увеличить изменчивость результатов испытаний. Чтобы уменьшить потребность в добавлении воды после посева, относительную влажность воздуха, окружающего семена, нужно поддерживать на уровне 90—95,% для предупреждения потери влаги вследствие испарения. Высокую относительную влажность вокруг семян можно создать, применяя автоматические увлажнители, устанавливая в растильнях или камерах для проращивания семян сосуды с водой, проводя испытания на бумажном субстрате в закрытых чашках или же закрывая семена, проращиваемые на песке или на почве, влажной промокательной бумагой или стеклянными пластинками до момента появления всходов. Но для предупреждения избыточной конденсации влаги на проростках может оказаться необходимой циркуляция воздуха.
Вода не должна содержать кислоты, щелочи, органические или другие примеси. Для гарантии стандартности ее состава время от времени нужно получать официальный анализ. Для прерывания покоя семян может потребоваться обработка их 0,2%-ным азотнокислым калием (KNo3) (5.7). Если применять дистиллированную Воду, то для повышения содержания кислорода может потребоваться аэрация. Вода, очищенная от ионов (жесткость <5 мг/л), обеспечивает получение более выравненных результатов, чем водопроводная, и не требует специальной аэрации.