Во избежание излишнего испарения влаги из яиц, которое довольно значительно во время хранения (в среднем 0.15% веса яйца в день), рекомендуется в яйцехранилище поддерживать относительную влажность, равную 70—75%.
Эта величина влажности подобрана работниками инкубации эмпирически. Салганник считает необходимым поддерживать в яйцехранилище более высокую влажность — 85—90%. Еще более высокую влажность (94—97%) рекомендует Орлов. Этот вывод автора связан не только с большим процентом потери веса яйца (около 3% при 15-дневном и около 4—5% при 25-дневном хранении), но и с тем, что долго хранившиеся яйца имеют тенденцию и в дальнейшем, во время инкубации, больше испарять воду. Автор отметил, что те яйца, из которых затем вылупились цыплята, имели меньшую потерю веса во время хранения (2.03%), чем яйца, в которых эмбрионы погибли в течение инкубации (2.87%). Поэтому для долго хранившихся яиц автор рекомендует в течение первой половины инкубации особый режим, с более высокой влажностью. Потере веса яиц во время хранения посвящено исследование Владимировой. Автор показала, что яйца кур, характеризующиеся меньшей потерей в весе во время хранения, дают лучшую выводимость. Интенсивность потери в весе куриных яиц во время хранения неодинакова и зависит от многих факторов: возраста кур, величины яйца, физических свойств скорлупы, температуры, влажности и вентиляции яйцехранилища и др. Камар отмечает, что большая пористость утиных яиц обусловливает быструю порчу содержимого во время их хранения.
Рассмотрим вопрос о вентиляции яйцехранилища. К моменту снесения яйца эмбрион еще слишком мал, и во время хранения он находится в анабиотическом состоянии; следовательно, потребление кислорода и выделение углекислоты им совершенно незначительно. Но содержимое яйца (белок и желток) выделяет углекислоту и кислород, что обусловлено повышенной концентрацией этих газов в яйцеводе несушки. Следовательно, довольно значительные количества кислорода и особенно углекислоты выделяются яйцами во время хранения. Холл и Романов хранили яйца в дистиллированной воде, а также после опускания их в желатин или кремниевый натрий. Авторы обнаружили при этих условиях хранения яиц лишь небольшое снижение выводимости, считая это показателем того, что яйца могут почти не дышать атмосферным воздухом. Но Кирсанов, сравнивая условия хранения яиц в разных совхозах, отметил, что чем меньше яиц приходилось на 1 м3 яйцехранилища, тем выше была выводимость цыплят. Автор приходит к выводу, что в яйцехранилище должна быть хорошая вентиляция.
Исходя из предположения, что значительная часть нарушений в долго хранившихся яйцах обусловлена выделением из них углекислоты и сдвигом pH в связи с этим, Еремеев провел опыты по содержанию куриных и утиных яиц перед инкубацией в углекислоте (до 82.5% СO2). 2—4-часовое содержание яиц в углекислоте значительно повысило выводимость утят и особенно цыплят. Владимирова провела сходные опыты с гусиными и куриными яйцами. 5-часовое содержание гусиных яиц в углекислоте повысило выводимость гусят, а более длительное не имело эффекта. Не наблюдалось также положительного действия содержания в углекислоте перед инкубацией куриных яиц.
В последние годы за рубежом, особенно в США, распространился метод хранения яиц в пластмассовых мешочках. Бекер с соавторами сообщает о хранении и перевозке на пароходе индюшиных яиц в двух типах мешочков: 1) сохраняющих только влагу, но пропускающих углекислоту и 2) не пропускающих из яиц ни влаги, ни углекислоты. Наивысший процент вывода индюшат был подучен после хранения в мешочках 2-го типа, ниже — в мешочках 1-го типа и еще значительно ниже — при обычном хранении яиц. Следовательно, потеря жизнеспособности эмбрионов в долго Хранившихся яйцах в значительной мере обусловливается потерей из них влаги и углекислоты.
Рассмотрим вопрос о том, в каком положении (вертикальном или горизонтальном, острым концом вниз или вверх) лучше всего хранить яйца, предназначенные для инкубации, и следует ли их переворачивать во время хранения. Пенионжкевич провел детальное исследование этого вопроса. По данным автора, для хранения куриных яиц лучше горизонтальное положение, а переворачивание яиц необходимо только при хранении яиц дольше 10—18 дней. Для хранения утиных яиц, наоборот, лучше вертикальное положение, а переворачивание яиц дает заметный положительный эффект при хранении свыше 5 дней. Фарнсворс и Варрен подтвердили, что при хранении куриных яиц свыше 18 дней поворачивание яиц дважды в день несколько повышает выводимость цыплят.