Этот способ применяют реже, чем другие. Его главное назначение — подавить фитопатогенные грибы и бактерии, находящиеся в почве.
Различают следующие почвообитающие грибы: постоянные — сапрофиты — с широким кругом растений-хозяев, их паразитизм является случайным (заселяют в основном верхний 15-сантиметровый слой почвы); временные — высокоспециализированные паразиты, которые при отсутствии хозяина не могут сохраняться в почве; псевдопостоянные — специализированные паразиты, которые могут существовать без хозяина, так как имеют покоящиеся формы. Эти популяции микроорганизмов находятся в динамическом экологическом равновесии, которое под воздействием внесенного в почву химиката сдвигается в ту или иную сторону. Постоянные обитатели более лабильны и вскоре после обработки вновь заселяют почву. В частности, замечено, что бактерии расселяются в таких почвах значительно раньше других микроорганизмов и численность их здесь выше, чем в необработанных почвах. Это объясняется не только быстрым размножением бактерий, но и образованием аммиака, который способствует более легкому усвоению органических веществ.
Используют специальные препараты, обладающие сильным искореняющим действием (некоторые из них называют почвенными фумигантами), а также защитные контактные и системные фунгициды.
Существуют различные способы применения фумигантов: сплошное внесение порошкообразных веществ с последующим поливом или сплошное внесение в виде водной суспензии; ленточное (рядковое) — путем инъекции тракторным фумигатором, вливания в наколы и т. д. Эффект зависит от растворимости токсичного компонента в воде или его летучести. Почвенные фумиганты не обладают избирательным действием (подавляют грибы, бактерии, вредных насекомых, сорные растения, а также проявляют сильное фитоцидное действие), поэтому между внесением их в почву и посевом должно пройти время, необходимое для полного химического и биологического разрушения и выветривания токсиканта. При благоприятных условиях это 10-14 дней, при неблагоприятных — до 40.
Защитные контактные фунгициды применяют для обеззараживания почвы как до, так и после посева путем полива суспензией, обработкой сухими веществами с последующим поливом и механическим перемешиванием с почвой. Используют сплошное и рядковое внесение. Особенно эффективно внесение в рядок одновременно с высевом семян, так как это позволяет снизить расход препарата на единицу площади. Препарат при этом распределяется в зоне залегания проростков и корней.
Системные фунгициды вносят в почву одновременно с высевом семян и в период появления всходов. На поле при орошении по бороздам, в теплицах фунгициды вносят с поливной водой (в последнем случае путем прямого полива или с использованием автоматизированной системы орошения). Фунгицид должен находиться в зоне залегания корневой системы, а почву необходимо поддерживать во влажном состоянии, так как из сухой почвы системные фунгициды корнями растений не сорбируются.
Эффективность фунгицидов при внесении в почву зависит от равномерности распределения, длительности действия, температуры и влажности почвы, ее типа, наличия органических веществ, состава микрофлоры и т. д. Общие требования при внесении фунгицидов в почву следующие: почва должна быть хорошо подготовлена и не содержать комков и свежих органических остатков; фумиганты надо использовать в период, когда почва имеет влажность 60-80 % ППВ;
контактные и системные фунгициды необходимо вносить в сухую почву, а затем проводить полив; оптимальная температура почвы для внесения фунгицидов 10-27 С.
Химикат в почве способен вступать в реакцию с различными органическими соединениями, а также сорбироваться мелкими глинистыми частицами и органическими коллоидами, что снижает его лабильность. При этом положительно заряженные ионы (катионы) сорбируются глинистыми частицами, а незаряженные — органическими коллоидами. Почвы, которые содержат большое количество указанных компонентов, способны лучше сорбировать пестицид, но он не теряет своей фунгицидности в сорбированном состоянии или после десорбции.