В почве также встречаются микроскопические виды водорослей, которые в благоприятных условиях, особенно при достаточном обеспечении влагой, усиленно размножаются и покрывают почву зеленым налетом.
Авторы понимают под водорослями в основном фототрофные прокариотические микроорганизмы — синезеленые водоросли, которые по современной терминологии называются цианобактериями. Краткий определитель бактерий.
Однако такое обилие водорослей в почве бывает кратковременным, и изменение условий внешней среды приводит к их гибели. Они повышают плодородие почвы, обогащая ее запасами органического вещества. Выделяемая ими слизь способствует оструктуриванию почвы. Водоросли обогащают почвенный раствор кислородом, выделяемым в процессе фотосинтеза, и тем самым создают условия, благоприятные для развития аэробных микроорганизмов, играющих, в свою очередь, важную роль в процессе корневого питания растений, особенно риса, на затопляемых площадях. Наибольшее практическое значение имеют синезеленые водоросли, обладающие способностью связывать атмосферный азот и обогащать им почву.